| Competències |
| Codi | |
| A1 | Aplicar coneixements de càlcul numèric, mètodes numèrics, informàtica i bioestadística. |
| A3 | Utilitzar adequadament les bases de la química general i química orgànica: estructura atòmica i molecular, grups funcionals, reaccions químiques i síntesi química. |
| A13 | Tenir capacitat d'analitzar dades (resultats, fer tractament estadístics) propis del camp científic. |
| A21 | Utilitzar com a usuari avançat les bases de dades de genòmica, proteòmica, transcriptòmica, metabolòmica i de productes biotecnològics. |
| B1 | Aprendre a aprendre. |
| B2 | Capacitat d'anàlisi i de síntesi. |
| B3 | Aplicar el pensament crític, lògic i creatiu. |
| B4 | Resoldre problemes de forma efectiva. |
| C1 | Dominar la comprensió d'anglès escrit i oral i tenir-ne un nivell mínim d'expressió. |
| Objectius d'aprenentatge |
| Objectius | Competències | ||
| Aprendre a utilitzar el llenguatge de programació PERL (Practical Extraction and Report Language) per resoldre problemes bioquímics i biotecnològics | A1 A13 |
B1 B2 B3 B4 |
C1 |
| Coneixer l'existència i el contingut de les principals bases de dades d'informació bioquímica/biotecnològica | A21 |
C1 |
|
| Comprendre els fonaments dels algoritmes més emprats en la comparació de seqüències (tant d'àcids nucleics com de proteïnes) | A1 A21 |
C1 |
|
| Utilitzar eines bioinformàtiques per a predir: (a) l'estructura d'un complex proteïna-lligand a partir de les estructures de les molècules individuals; (b) l'estructura tridimensional d'una proteïna de la que no es coneix l'estructura experimental; i (c) l'activitat de determinats lligands en funció de la seva estructura química. | A1 A3 |
C1 |
|
| Continguts |
| Tema | Subtema |
| 1) Introducció | Definició i àmbit d’estudi Portals de bioinformàtica (EBI-EMBL, NCBI, Expasy) |
| 2) PERL | Un llenguatge informàtic pràctic per a l’extracció d’informació i presentació de resultats: PERL (Practical Extraction and Report Language). |
| 3) Bases de dades | Bases de dades de seqüències (Swiss-Prot, GenBank) Bases de dades estructurals (PDB, CATH, SCOP, DALI, ModBase) Bases de dades de molècules petites (ZINC) Bases de dades del NAR Introducció al SRS (Sequence Retrieval System) |
| 4) Cerca i anàlisi de seqüències | Seqüències semblants (homòlogues i no homòlogues) Matrius de substitució (PAM, Blosum, etc.) Formats de seqüències més emprats (FASTA) Alineaments de parells de seqüències (Needelman-Wunsch, Smith-Waterman, Dot-matrix) Cerca de seqüències semblants (BLAST, FASTA, PSI-BLAST) Exemples d’us de BLAST, FASTA, PSI-BLAST |
| 5) Alineaments múltiples i construcció d’arbres filogenètics | Alineament múltiple de seqüències (Clustal, T-Coffee, GBlocks) Bases de dades derivades de multialineaments (PROSITE, PFAM, PRODOM) Mètodes reconstrucció filogenètica (Philip): (a) parsimònia; (b) distància; (c) màxima versemblança) Robustesa d’un arbre filogenètic (bootstrap) Visualització d’arbres filogenètics (TreeView, Mega). Arbres rooted i unrooted. Comparació d’arbres filogenètics |
| 6) Estructura i funció de proteïnes | Modelat per homologia (MODELLER, Swiss-Model) Docking proteïna-lligand (eHiTS) |
| 7) Relació estructura-activitat de lligands | Definició de farmacòfor Construcció de farmacòfors amb Catalyst Cerca de bases de dades emprant farmacòfors |
| Planificació |
| Metodologies :: Proves | |||||||||
| Competències | (*) Hores a classe | Hores fora de classe | (**) Hores totals | ||||||
| Activitats Introductòries |
|
2 | 2 | 4 | |||||
| Sessió Magistral |
|
28 | 28 | 56 | |||||
| Pràctiques a través de TIC en aules informàtiques |
|
44 | 44 | 88 | |||||
| Atenció personalitzada |
|
0 | 2 | 2 | |||||
| Proves pràctiques |
|
2 | 0 | 2 | |||||
| Proves objectives de preguntes curtes |
|
2 | 0 | 2 | |||||
| (*) En el cas de docència no presencial, són les hores de treball amb suport vitual del professor. (**) Les dades que apareixen a la taula de planificació són de caràcter orientatiu, considerant l’heterogeneïtat de l’alumnat | |||||||||
| Metodologies |
| Descripció | |
| Activitats Introductòries | S'introduirà l'assignatura i s'explicitaran els objectius |
| Sessió Magistral | Classe magistral. S'estimularà la participació dels alumnes, fent-lis preguntes durant la classe relacionades amb el que s'està explicant i que els obligui a pensar i a reflexionar. |
| Pràctiques a través de TIC en aules informàtiques | Pràctiques en l'aula d'informàtica de docència de la Facultat d'Enologia. Exercicis on s'aprofitarà el PERL per a automatitzar tasques. També es realitzaran exercicis emprant bases de dades i servidors d'internet. |
| Atenció personalitzada |
|
|
| Avaluació |
| Descripció | Pes | ||
| Proves pràctiques | Realització, entre d'altres, d'algunes de les següents activitats: (a) automatització del treball amb seqüències o estructures de macromolècules biològiques; (b) tasques amb l'SRS; i (c) cerques en una base de dades d'interès bioquímic o biotecnològic. | Fins a un màxim de 4 punts en la nota final (la nota final màxima és un 10) | |
| Proves objectives de preguntes curtes | Examen on es demanarà als alumnes que responguin a preguntes curtes relacionades amb la part teòrica de l'assignatura. | Fins a un màxim de 6 punts en la nota final (la nota final màxima és un 10) | |
| Altres comentaris i segona convocatòria | |||
| Fonts d'informació |
| Bàsica |
Dwyer, Rex A., Genomic perl: from bioinformatics basics to working code, Cambridge: Cambridge University Press, 2003
Lesk, Arthur M., Introduction to bioinformatics, Oxford: Oxford University Press, 2005
Moorhouse, Michael; Barry, Paul, Bioinformatics, biocomputing and Perl: an introduction to bioinformatics computing skills and practice, Chichester, England: John Wiley & Sons, cop., 2004
Attwood, Teresa K.; Parry-Smith, David J., Introducción a la bioinformática, Madrid: Prentice Hall, DL, 2002
Claverie, Jean-Michel; Notredame, Cedric, Bioinformatics for dummies, New York: Wiley Pub., cop., 2003
Tisdall, James D., Beginning Perl for bioinformatics, Beijing: O'Reilly, 2001
Gibas, Cynthia; Jambeck, Per, Developing bioinformatics computer skills, Beijing: O'Reilly, 2001
Baxevanis, Andreas D.; Ouellette, B.F. Francis, Bioinformatics : a practical guide to the analysis of genes and proteins, New York: Wiley-Interscience, cop., 2001 |
|||
| Complementària | ||||
| Recomanacions |
| Assignatures que es recomana haver cursat prèviament | ||||
|
||||