Codi |
|
A1 |
Aplicar coneixements de càlcul numèric, mètodes numèrics, informàtica i bioestadística. |
A3 |
Utilitzar adequadament les bases de la química general i química orgànica: estructura atòmica i molecular, grups funcionals, reaccions químiques i síntesi química. |
A13 |
Tenir capacitat d'analitzar dades (resultats, fer tractament estadístics) propis del camp científic. |
A21 |
Utilitzar com a usuari avançat les bases de dades de genòmica, proteòmica, transcriptòmica, metabolòmica i de productes biotecnològics. |
B1 |
Aprendre a aprendre. |
B2 |
Capacitat d'anàlisi i de síntesi. |
B3 |
Aplicar el pensament crític, lògic i creatiu. |
B4 |
Resoldre problemes de forma efectiva. |
C1 |
Dominar la comprensió d'anglès escrit i oral i tenir-ne un nivell mínim d'expressió. |
Objectius |
Competències |
Aprendre a utilitzar el llenguatge de programació PERL (Practical Extraction and Report Language) per resoldre problemes bioquímics i biotecnològics |
A1 A13
|
B1 B2 B3 B4
|
C1
|
Coneixer l'existència i el contingut de les principals bases de dades d'informació bioquímica/biotecnològica |
A21
|
|
C1
|
Comprendre els fonaments dels algoritmes més emprats en la comparació de seqüències (tant d'àcids nucleics com de proteïnes) |
A1 A21
|
|
C1
|
Utilitzar eines bioinformàtiques per a predir: (a) l'estructura d'un complex proteïna-lligand a partir de les estructures de les molècules individuals; (b) l'estructura tridimensional d'una proteïna de la que no es coneix l'estructura experimental; i (c) l'activitat de determinats lligands en funció de la seva estructura química. |
A1 A3
|
|
C1
|
Tema |
Subtema |
1) Introducció |
Definició i àmbit d’estudi
Portals de bioinformàtica (EBI-EMBL, NCBI, Expasy) |
2) PERL |
Un llenguatge informàtic pràctic per a l’extracció d’informació i presentació de resultats: PERL (Practical Extraction and Report Language). |
3) Bases de dades |
Bases de dades de seqüències (Swiss-Prot, GenBank)
Bases de dades estructurals (PDB, CATH, SCOP, DALI, ModBase)
Bases de dades de molècules petites (ZINC)
Bases de dades del NAR
Introducció al SRS (Sequence Retrieval System) |
4) Cerca i anàlisi de seqüències |
Seqüències semblants (homòlogues i no homòlogues)
Matrius de substitució (PAM, Blosum, etc.)
Formats de seqüències més emprats (FASTA)
Alineaments de parells de seqüències (Needelman-Wunsch, Smith-Waterman, Dot-matrix)
Cerca de seqüències semblants (BLAST, FASTA, PSI-BLAST)
Exemples d’us de BLAST, FASTA, PSI-BLAST |
5) Alineaments múltiples i construcció d’arbres filogenètics |
Alineament múltiple de seqüències (Clustal, T-Coffee, GBlocks)
Bases de dades derivades de multialineaments (PROSITE, PFAM, PRODOM)
Mètodes reconstrucció filogenètica (Philip): (a) parsimònia; (b) distància; (c) màxima versemblança)
Robustesa d’un arbre filogenètic (bootstrap)
Visualització d’arbres filogenètics (TreeView, Mega). Arbres rooted i unrooted.
Comparació d’arbres filogenètics |
6) Estructura i funció de proteïnes |
Modelat per homologia (MODELLER, Swiss-Model)
Docking proteïna-lligand (eHiTS) |
7) Relació estructura-activitat de lligands |
Definició de farmacòfor
Construcció de farmacòfors amb Catalyst
Cerca de bases de dades emprant farmacòfors |
Metodologies :: Proves |
|
Competències |
(*) Hores a classe |
Hores fora de classe |
(**) Hores totals |
Activitats Introductòries |
|
2 |
2 |
4 |
|
Sessió Magistral |
|
28 |
28 |
56 |
Pràctiques a través de TIC en aules informàtiques |
|
44 |
44 |
88 |
|
Atenció personalitzada |
|
0 |
2 |
2 |
|
Proves pràctiques |
|
2 |
0 |
2 |
Proves objectives de preguntes curtes |
|
2 |
0 |
2 |
|
(*) En el cas de docència no presencial, són les hores de treball amb suport vitual del professor. (**) Les dades que apareixen a la taula de planificació són de caràcter orientatiu, considerant l’heterogeneïtat de l’alumnat |
Metodologies
|
Descripció |
Activitats Introductòries |
S'introduirà l'assignatura i s'explicitaran els objectius |
Sessió Magistral |
Classe magistral. S'estimularà la participació dels alumnes, fent-lis preguntes durant la classe relacionades amb el que s'està explicant i que els obligui a pensar i a reflexionar. |
Pràctiques a través de TIC en aules informàtiques |
Pràctiques en l'aula d'informàtica de docència de la Facultat d'Enologia. Exercicis on s'aprofitarà el PERL per a automatitzar tasques. També es realitzaran exercicis emprant bases de dades i servidors d'internet. |
|
Descripció |
Mitjançant correu electrònic: (a) santi.garcia-vallve@urv.cat; i (b) gerard.pujadas@urv.cat
Mitjançant visita als despatxos dels professors: (a) Gerard Pujadas (106; dijous de 9:00 a 14:00); (b) Santi Garcia-Vallvé (107; dijous de 9:00 a 14:00) |
|
|
Descripció |
Pes |
Proves pràctiques |
Realització, entre d'altres, d'algunes de les següents activitats: (a) automatització del treball amb seqüències o estructures de macromolècules biològiques; (b) tasques amb l'SRS; i (c) cerques en una base de dades d'interès bioquímic o biotecnològic. |
Fins a un màxim de 4 punts en la nota final (la nota final màxima és un 10) |
Proves objectives de preguntes curtes |
Examen on es demanarà als alumnes que responguin a preguntes curtes relacionades amb la part teòrica de l'assignatura. |
Fins a un màxim de 6 punts en la nota final (la nota final màxima és un 10) |
|
Altres comentaris i segona convocatòria |
|
Bàsica |
Dwyer, Rex A., Genomic perl: from bioinformatics basics to working code, Cambridge: Cambridge University Press, 2003
Lesk, Arthur M., Introduction to bioinformatics, Oxford: Oxford University Press, 2005
Moorhouse, Michael; Barry, Paul, Bioinformatics, biocomputing and Perl: an introduction to bioinformatics computing skills and practice, Chichester, England: John Wiley & Sons, cop., 2004
Attwood, Teresa K.; Parry-Smith, David J., Introducción a la bioinformática, Madrid: Prentice Hall, DL, 2002
Claverie, Jean-Michel; Notredame, Cedric, Bioinformatics for dummies, New York: Wiley Pub., cop., 2003
Tisdall, James D., Beginning Perl for bioinformatics, Beijing: O'Reilly, 2001
Gibas, Cynthia; Jambeck, Per, Developing bioinformatics computer skills, Beijing: O'Reilly, 2001
Baxevanis, Andreas D.; Ouellette, B.F. Francis, Bioinformatics : a practical guide to the analysis of genes and proteins, New York: Wiley-Interscience, cop., 2001
|
|
Complementària |
|
|
Assignatures que es recomana haver cursat prèviament |
INFORMÀTICA/19051003 | GENÈTICA MOLECULAR/19051019 | QUÍMICA I ENGINYERIA DE PROTEÏNES/19052029 |
|
|