|
Type A
|
Code |
Competences Specific | | | A7 |
Saber buscar, obtenir, analitzar i interpretar la informació de les principals bases de dades biològiques: genòmiques, transcriptòmiques, proteòmiques, metabolòmiques, taxonòmiques i altres, així com de dades bibliogràfiques, i usar les eines bioinformàtiques bàsiques |
|
Type B
|
Code |
Competences Transversal | | | B2 |
Resoldre problemes complexos de forma efectiva en el camp biotecnològic. |
|
Type C
|
Code |
Competences Nuclear | | | C2 |
Utilitzar de manera avançada les tecnologies de la informació i la comunicació. |
| | C3 |
Gestionar la informació i el coneixement. |
|
Type A
|
Code |
Learning outcomes |
| | A7 |
Utilitzar les eines bioinformàtiques per a: a) analitzar estructures i seqüències de proteïnes i àcids nucleics, i b) cercar informació en les principals bases de dades biològiques i bibliogràfiques
|
|
Type B
|
Code |
Learning outcomes |
| | B2 |
Recull la informació significativa que necessita per resoldre els problemes en base a dades i no només opinions subjectives i segueix un mètode lògic d’ anàlisis de la informació
|
|
Type C
|
Code |
Learning outcomes |
| | C2 |
Coneix el maquinari bàsic dels ordinadors
Coneix el sistema operatiu com a gestor del maquinari i el programari com eina de treball
| | | C3 |
Localitza i accedeix a la informació de manera eficaç i eficient
Avalua críticament la informació i les seves fonts i la incorpora a la pròpia base de coneixements i al seu sistema de valors
|
| Topic |
Sub-topic |
| 1) Introducció |
Definició i àmbit d’estudi
Portals de bioinformàtica (EBI-EMBL, NCBI, Expasy) |
| 2) Introducció al sistema operatiu LINUX |
Introducció als sistemes operatius. Instal.lació de paquets. Tasques senzilles per terminal. |
| 3) Bases de dades bioinformàtiques |
Bases de dades bibliogràfiques (PubMed, ISI Web of Knowledge), bases de dades de seqüències (UniProt, GenBank). Altres bases de dades. |
| 4) Cerca i anàlisi de seqüències |
Concepte d’homologia. Alineaments de parells de seqüències (algoritmes de Needelman-Wunsch i Smith-Waterman). Dotplots. Matrius de substitució (PAM, Blosum). Cerca de seqüències semblants (BLAST). |
| 5) Alineaments múltiples i construcció d’arbres filogenètics |
Programes d’alineament múltiple de seqüències (Clustal). Bases de dades derivades de multialineaments (PROSITE). Mètodes de reconstrucció filogenètica. Visualització d’arbres filogenètics. |
| Methodologies :: Tests |
| |
Competences |
(*) Class hours
|
Hours outside the classroom
|
(**) Total hours |
| Activitats Introductòries |
|
2 |
2 |
4 |
| Sessió Magistral |
|
28 |
28 |
56 |
| Pràctiques a través de TIC |
|
30 |
30 |
60 |
| Resolució de problemes, exercicis |
|
2 |
15 |
17 |
| Atenció personalitzada |
|
4 |
0 |
4 |
| |
| Proves mixtes |
|
3 |
0 |
3 |
| Proves pràctiques |
|
6 |
0 |
6 |
| |
(*) On e-learning, hours of virtual attendance of the teacher.
(**) The information in the planning table is for guidance only and does not take into account the heterogeneity of the students. |
Methodologies
| |
Description |
| Activitats Introductòries |
S'introduirà l'assignatura i s'explicitaran els objectius. |
| Sessió Magistral |
Classe magistral. S'estimularà la participació dels alumnes, fent preguntes durant la classe relacionades amb el que s'està explicant i que els obligui a pensar i a reflexionar. |
| Pràctiques a través de TIC |
Pràctiques en l'aula d'informàtica. També es realitzaran exercicis emprant bases de dades i servidors d'internet. |
| Resolució de problemes, exercicis |
Resolució de qüestionaris i exercicis per a cada tema. |
| Atenció personalitzada |
Resolució de dubtes de forma presencial o no presencial. |
|
Description |
|
Mitjançant el fòrum de l'assignatura a través del Moodle, o de forma presencial amb el professor. |
|
Methodologies |
Competences
|
Description |
Weight |
|
|
|
|
| Pràctiques a través de TIC |
|
Resolució de forma individual d'un qüestionari per cada tema. |
10% |
| Resolució de problemes, exercicis |
|
Cerca bibliogràfica d'un tema |
20% |
| Proves mixtes |
|
Examen teòric-pràctic dels temes 1,3-5 |
45% |
| Proves pràctiques |
|
Examen pràctic del Tema 2 (linux) |
25% |
| Others |
|
|
|
| |
|
Other comments and second exam session |
|
L'avaluació de la segona convocatòria consistirà en un examen i l'avaluació dels qüestionaris, exercici (cerca bibliogràfica) i prova pràctica (linux) amb els mateixos pesos que en la 1a convocatòria. És requisit imprescindible presentar el treball i fer l'examen de linux per aprovar l'assignatura. Caldrà treure un mínim de 4.0 de l'examen dels temes 1, 3, 4 i 5 (tant en primera com en segona convocatòria) per a que compti la nota de l'avaluació dels qüestionaris. Es prohibeix l'ús o tinença de dispositius de comunicació i transmissió de dades (mòbils, ....) durant la realització de les proves a excepció del consentiment exprés del professor. Durant les proves d'avaluació, els telèfons mòbils, tablets i altres aparells que no siguin expressament autoritzats per la prova, han d'estar apagats i fora de la vista. La realització demostrativament fraudulenta d'alguna activitat avaluativa d'alguna assignatura tant en suport material com virtual i electrònic comporta a l'estudiant la nota de suspens d'aquesta activitat avaluativa. Amb independència d'això, davant la gravetat dels fets, el centre pot proposar la iniciació d'un expedient disciplinari, que serà incoat mitjançant resolució del rector o rectora. |
| Bàsica |
Lesk, Arthur M., Introduction to bioinformatics, Oxford: Oxford University Press, 2008
Attwood, Teresa K.; Parry-Smith, David J., Introducción a la bioinformática, Madrid: Prentice Hall, DL, 2002
Claverie, Jean-Michel; Notredame, Cedric, Bioinformatics for dummies, New York: Wiley Pub., cop., 2007
Gibas, Cynthia; Jambeck, Per, Developing bioinformatics computer skills, Beijing: O'Reilly, 2001
|
|
| Complementària |
|
Garcia-Vallve S & Puigbo P. Ciento cincuenta años tras el árbol de la vida. Nuevos retos sobre el origen de las especies. Revista de la SEBBM. Junio 2009. Num. 160:18-21 |
| Subjects that it is recommended to have taken before |
| ESTRUCTURA I FUNCIÓ DE BIOMOLÈCULES/19204107 |
|
(*)The teaching guide is the document in which the URV publishes the information about all its courses. It is a public document and cannot be modified. Only in exceptional cases can it be revised by the competent agent or duly revised so that it is in line with current legislation. |
|