Tipo A
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Código |
Competencias Específicas | | A7 |
Saber buscar, obtener, analizar e interpretar la información de las principales bases de datos biológicos: genómicos, transcriptómicos, proteómicos, metabolómicos, taxonómicos y otros, así como de datos bibliográficos, y usar las herramientas bioinformáticas básicas |
Tipo B
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Código |
Competencias Transversales | | B2 |
Resolver problemas complejos de forma efectiva en el campo biotecnológico. |
Tipo C
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Código |
Competencias Nucleares | | C2 |
Utilizar de manera avanzada las tecnologías de la información y la comunicación. |
| C3 |
Gestionar la información y el conocimiento. |
Resultados de aprendizaje |
Tipo A
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Código |
Resultados de aprendizaje |
| A7 |
Utilizar las herramientas bioinformáticas para: a) analizar estructuras y secuencias de proteínas y ácidos nucleicos, y b) buscar información en las principales bases de datos biológicos y bibliográficos.
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Tipo B
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Código |
Resultados de aprendizaje |
| B2 |
Recoge la información significativa que necesita para resolver los problemas partiendo de datos y no sólo de opiniones subjetivas y sigue un método lógico de análisis de la información.
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Tipo C
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Código |
Resultados de aprendizaje |
| C2 |
Conoce la maquinaria básica de los ordenadores.
Conoce el sistema operativo como gestor del maquinario y el programario como herramienta de trabajo.
| | C3 |
Localiza y accede a la información de manera eficaz y eficiente.
Evalúa críticamente la información y sus fuentes y la incorpora a la propia base de conocimientos y a su sistema de valores.
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tema |
Subtema |
1) Introducción |
Definición y ámbito de estudio
Portales de bioinformática más importantes (EBI-EMBL, NCBI, Expasy) |
2) Introducción al sistema operativo LINUX |
Introducción a los sistemas operativos. Instalación de paquetes. Uso del terminal de linux. |
3) Bases de datos bioinformáticas |
Bases de datos bibliográficas (PubMed, ISI Web of Knowledge), bases de datos de secuencias (UniProt, GenBank). Otras bases de datos. |
4) Búsqueda y análisis de secuencias |
Concepto de homología. Alineamientos de pares de secuencias (algoritmos de Needelman-Wunsch y Smith-Waterman). Dotplots. Matrices de substitución (PAM, Blosum). Búsqueda de secuencias parecidas (BLAST). |
5) Alineamientos múltiples y construcción de árboles filogenéticos |
Programas de alineamiento múltiple de secuencias (Clustal). Bases de datos derivadas de multialineamientos (PROSITE). Métodos de reconstrucción filogenética. Visualización de árboles filogenéticos. |
Metodologías :: Pruebas |
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Competencias |
(*) Horas en clase
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Horas fuera de clase
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(**) Horas totales |
Actividades introductorias |
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2 |
2 |
4 |
Sesión magistral |
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28 |
28 |
56 |
Prácticas a través de TIC |
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30 |
30 |
60 |
Resolución de problemas/ejercicios |
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2 |
15 |
17 |
Atención personalizada |
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4 |
0 |
4 |
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Pruebas mixtas |
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3 |
0 |
3 |
Pruebas prácticas |
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6 |
0 |
6 |
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(*) En el caso de docencia no presencial, serán las horas de trabajo con soporte virtual del profesor. (**) Los datos que aparecen en la tabla de planificación son de carácter orientativo, considerando la heterogeneidad de los alumnos |
Metodologías
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descripción |
Actividades introductorias |
Se introducirá la asignatura y se explicitaran los objetivos. |
Sesión magistral |
Clase magistral. Se estimulará la participación de los estudiantes. |
Prácticas a través de TIC |
Prácticas en el aula de informática. También se realizarán ejercicios utilizando bases de datos y servidores de internet. |
Resolución de problemas/ejercicios |
Resolución de cuestionarios y ejercicios para cada tema. |
Atención personalizada |
Resolución de dudas de forma presencial o no presencial. |
descripción |
A través del fórum de la asignatura a través del ''Moodle'', o de forma presencial con el profesor. |
Metodologías |
Competencias
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descripción |
Peso |
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Prácticas a través de TIC |
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Resolución de forma individual de un cuestionario para cada tema. |
10% |
Resolución de problemas/ejercicios |
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Búsqueda bibliográfica de un tema |
20% |
Pruebas mixtas |
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Examen teórico-práctico de los temas 1,3-5 |
45% |
Pruebas prácticas |
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Examen práctico del Tema 2 (linux) |
25% |
Otros |
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Otros comentarios y segunda convocatoria |
La evaluación de la segunda convocatoria consistirá en un examen y las notas de los cuestionarios, ejercicio (búsqueda bibliográfica) y del examen linux, con los mismos pesos que en la 1a convocatoria. Es requisito imprescindible presentar el trabajo de búsqueda bibliográfica y hacer el examen de linux para aprobar la asignatura. Será necesario una nota mínima de 4.0 en el examen de los temas 1, 3, 4 y 5 (en primera y en segunda convocatoria) pera que la nota de la evaluación de los cuestionarios se tenga en cuenta. Se prohíbe el uso de dispositivos de comunicación y transmisión de datos (como los teléfonos móviles, ....) durante la realización de les pruebas evaluativas. |
Básica |
Lesk, Arthur M., Introduction to bioinformatics, Oxford: Oxford University Press, 2008
Attwood, Teresa K.; Parry-Smith, David J., Introducción a la bioinformática, Madrid: Prentice Hall, DL, 2002
Claverie, Jean-Michel; Notredame, Cedric, Bioinformatics for dummies, New York: Wiley Pub., cop., 2007
Gibas, Cynthia; Jambeck, Per, Developing bioinformatics computer skills, Beijing: O'Reilly, 2001
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Complementaria |
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Garcia-Vallve S & Puigbo P. Ciento cincuenta años tras el árbol de la vida. Nuevos retos sobre el origen de las especies. Revista de la SEBBM. Junio 2009. Num. 160:18-21 |
Asignaturas que se recomienda haber cursado previamente |
ESTRUCTURA Y FUNCIÓN DE BIOMOLÉCULAS/19204107 |
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(*)La Guía docente es el documento donde se visualiza la propuesta académica de la URV. Este documento es público y no es modificable, excepto en casos excepcionales revisados por el órgano competente o debidamente revisado de acuerdo la normativa vigente. |
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