|
Type A
|
Code |
Competences Specific | | | A7 |
Saber buscar, obtenir, analitzar i interpretar la informació de les principals bases de dades biològiques: genòmiques, transcriptòmiques, proteòmiques, metabolòmiques, taxonòmiques i altres, així com de dades bibliogràfiques, i usar les eines bioinformàtiques bàsiques. |
| | A11 |
Ser capaç d'apreciar la potencialitat i la velocitat dels canvis en Bioquímica. |
|
Type B
|
Code |
Competences Transversal |
|
Type C
|
Code |
Competences Nuclear | | | C2 |
Utilitzar de manera avançada les tecnologies de la informació i la comunicació. |
| | C3 |
Gestionar la informació i el coneixement. |
|
Type A
|
Code |
Learning outcomes |
| | A7 |
Capacitació en l'ús d'eines bioinformàtiques per a: a) analitzar estructures i seqüències de proteïnes i àcids nucleics b) recerca d'informació en les principals bases de dades biològiques i bibliogràfiques
| | | A11 |
Capacitació en l'ús d'eines bioinformàtiques per a: a) analitzar estructures i seqüències de proteïnes i àcids nucleics b) recerca d'informació en les principals bases de dades biològiques i bibliogràfiques
|
|
Type B
|
Code |
Learning outcomes |
|
Type C
|
Code |
Learning outcomes |
| | C2 |
Coneix el maquinari bàsic dels ordinadors
Coneix el sistema operatiu com a gestor del maquinari i el programari com eina de treball
| | | C3 |
Localitza i accedeix a la informació de manera eficaç i eficient
Avalua críticament la informació i les seves fonts i la incorpora a la pròpia base de coneixements i al seu sistema de valors
|
| Topic |
Sub-topic |
| 1) Introducció |
Definició i àmbit d’estudi
Portals de bioinformàtica (EBI-EMBL, NCBI, Expasy) |
| 2) Introducció al sistema operatiu LINUX |
Introducció als sistemes operatius. Instal.lació de paquets. Tasques senzilles per terminal. |
| 3) Bases de dades bioinformàtiques |
Bases de dades bibliogràfiques (PubMed, ISI Web of Knowledge), bases de dades de seqüències (UniProt, GenBank). Altres bases de dades. |
| 4) Cerca i anàlisi de seqüències |
Concepte d’homologia. Alineaments de parells de seqüències (algoritmes de Needelman-Wunsch i Smith-Waterman). Dotplots. Matrius de substitució (PAM, Blosum). Cerca de seqüències semblants (BLAST). |
| 5) Alineaments múltiples i construcció d’arbres filogenètics |
Programes d’alineament múltiple de seqüències (Clustal). Bases de dades derivades de multialineaments (PROSITE). Mètodes de reconstrucció filogenètica. Visualització d’arbres filogenètics. |
| Methodologies :: Tests |
| |
Competences |
(*) Class hours
|
Hours outside the classroom
|
(**) Total hours |
| Activitats Introductòries |
|
2 |
0 |
2 |
| Sessió Magistral |
|
28 |
17 |
45 |
| Pràctiques a través de TIC |
|
30 |
25 |
55 |
| Treballs |
|
4 |
10 |
14 |
| Atenció personalitzada |
|
4 |
0 |
4 |
| |
| Proves objectives de preguntes curtes |
|
2 |
16 |
18 |
| Proves pràctiques |
|
2 |
10 |
12 |
| |
(*) On e-learning, hours of virtual attendance of the teacher.
(**) The information in the planning table is for guidance only and does not take into account the heterogeneity of the students. |
Methodologies
| |
Description |
| Activitats Introductòries |
S'introduirà l'assignatura i s'explicitaran els objectius. |
| Sessió Magistral |
Classe magistral. S'estimularà la participació dels alumnes, fent preguntes durant la classe relacionades amb el que s'està explicant i que els obligui a pensar i a reflexionar. |
| Pràctiques a través de TIC |
Pràctiques en l'aula d'informàtica. També es realitzaran exercicis emprant bases de dades i servidors d'internet. |
| Treballs |
Cerca bibliogràfica d'un tema |
| Atenció personalitzada |
Resolució de dubtes de forma presencial o no presencial. |
|
Description |
|
Mitjançant el fòrum de l'assignatura a través del Moodle, o de forma presencial amb el professor. |
|
Methodologies |
Competences
|
Description |
Weight |
|
|
|
|
| Pràctiques a través de TIC |
|
Resolució de forma individual d'un qüestionari per cada tema. |
10% |
| Treballs |
|
Cerca bibliogràfica |
20 |
| Proves objectives de preguntes curtes |
|
Examen teòric-pràctic |
45 |
| Proves pràctiques |
|
Examen Linux |
25 |
| Others |
|
|
|
| |
|
Other comments and second exam session |
|
És requisit imprescindible presentar el treball i fer l'examen de linux per aprovar l'assignatura. Caldrà treure un mínim de 4.0 en l'examen dels temes 1, 3, 4 i 5 (tant en primera com en segona convocatòria) per a que compti la nota de l'avaluació dels qüestionaris. L'avaluació de la segona convocatòria consistirà en un examen, mantenint la nota dels qüestionaris, cerca bibliogràfica i examen linux amb els mateixos pesos que en la 1a convocatòria. No es guarden notes de les activitats/exàmens de cursos anteriors. |
| Bàsica |
Lesk, Arthur M., Introduction to bioinformatics, Oxford: Oxford University Press, 2008
Attwood, Teresa K.; Parry-Smith, David J., Introducción a la bioinformática, Madrid: Prentice Hall, DL, 2002
Claverie, Jean-Michel; Notredame, Cedric, Bioinformatics for dummies, New York: Wiley Pub., cop., 2007
Gibas, Cynthia; Jambeck, Per, Developing bioinformatics computer skills, Beijing: O'Reilly, 2001
|
|
| Complementària |
|
Garcia-Vallve S & Puigbo P. Ciento cincuenta años tras el árbol de la vida. Nuevos retos sobre el origen de las especies. Revista de la SEBBM. Junio 2009. Num. 160:18-21 |
(*)The teaching guide is the document in which the URV publishes the information about all its courses. It is a public document and cannot be modified. Only in exceptional cases can it be revised by the competent agent or duly revised so that it is in line with current legislation. |
|