IDENTIFYING DATA 2018_19
Subject (*) BIOINFORMÀTICA APLICADA A L'EPIGENÈTICA NUTRICIONAL Code 13675205
Study programme
Nutrició i Metabolisme (2012)
 Cycle 2n
Descriptors Credits Type Year Period Exam timetables and dates
3 Optativa AN
Modality and teaching language See working groups
Department Bioquímica i Biotecnologia
Coordinator
GÓMEZ ALVAREZ, JOSEP
 E-mail josep.gomez@urv.cat
Lecturers
GÓMEZ ALVAREZ, JOSEP
Web http://http://moodle.urv.net/
General description and relevant information Reconèixer la importància de la Bioinformàtica i l’Epigenètica en l’estudi de la regulació de l’expressió gènica intervinguda per nutrients i altres components alimentaris. Adquirir coneixement de models i exemples de com poder integrar la investigació biològica integrativa i de sistemes en l’activitat professional. (Assignatura impartida a la URV).

Competències
Type A Code Competences Specific
  Comú
  AC6 Reconèixer les bases moleculars de les interaccions dels nutrients amb el genoma.
  Professionalitzador
  Recerca
Type B Code Competences Transversal
  Comú
  BC2 Resoldre problemes complexos de forma efectiva.
Type C Code Competences Nuclear
  Comú
  CC3 Gestionar la informació i el coneixement.

Objectius d'aprenentatge
Objectives Competences
Aplicació de mètodes estadístics a l'estudi nutricional AC6
Saber redactar artícles científics en anglès. BC2
Aplicació de la tecnologia òmica als estudis nutricionals. CC3

Continguts
Topic Sub-topic
1. Fonts d’informació. Obtenir informació sobre possibles contextos i situacions nutricionals en què resultin aplicables diversos continguts de Bioinformàtica i d’Epigenètica.
2. Procediments. Identificar eines bioinformàtiques adequades per a l’estudi de l’epigenoma. Automatització de tasques i conceptes bàsics de llenguatge de pregunta estructurada (SQL).
3. Genòmica funcional i de sistemes. Identificar computacionalment processos biològics i funcions moleculars a través dels quals, i les quals, els nutrients poden manifestar un perfil nutricional.
4. Epigenòmica funcional. Identificar computacionalment factors epigenètics (descrits en el projecte epigenoma), a través dels quals els nutrients poden influir sobre l’expressió gènica.
5. Anàlisis multivariant aplicat. Estructurar les dades generades en els apartats anteriors, i aplicar les tècniques bàsiques d’anàlisis estadística (exploratori i confirmatori). Models d’estructura de covariància.

Planificació
Methodologies  ::  Tests
  Competences (*) Class hours Hours outside the classroom (**) Total hours
Activitats Introductòries
3 0 3
 
 
Atenció personalitzada
27 0 27
 
Proves de desenvolupament
0 20 20
Proves pràctiques
0 40 40
 
(*) On e-learning, hours of virtual attendance of the teacher.
(**) The information in the planning table is for guidance only and does not take into account the heterogeneity of the students.

Metodologies
Methodologies
  Description
Activitats Introductòries Presentació del marc teòric en el que es desenvolupa l'assignatura: bioinformàtica, mineria de dades. epigenètica. nutrició.
Atenció personalitzada L'assignatura es desenvoluparà on-line i el professor penjarà material d'interès via moodle (incloent video-tutorials). Durant el desenvolupament de les activitats l'alumne podrà fer arribar tots els dubtes al professor via moodle, mail i whatsapp. S'arribarà a un equilibri just d'atenció personalitzada per a que l'alumne no es quedi bloquejat en cap moment però tampoc senti que pot resoldre amb èxit qualsevol activitat amb mínim esforç.

Atenció personalitzada
 
Atenció personalitzada
Activitats Introductòries
Description
Resoldre qualsevol temàtica relativa al desenvolupament de l'assignatura un cop l'estudiant ha demostrat suficient nivell d'esforç per resoldre la qüestió.

Avaluació
  Description Weight
Proves de desenvolupament Qüestionari Teòric 1
Qüestionari Teòric 2
 20%
20%
Proves pràctiques Pràctica Introductòria
Pràctica Final 		20%
40%
 
Other comments and second exam session

L'assignatura té convocatòria única.

L'avaluació vindrà donada per 4 activitats. Les dues primeres de caire més teòric, on l'estudiant aprendrà a buscar informació concreta sobre epigenètica nutricional i mètodes bioinformàtics d'anàlisi així com a extreure informació de bases de dades científiques i analitzar articles científics d'alt nivell. Les dues darreres activitats seran de caire més pràctic, on l'estudiant aprendrà a fer servir l'eina bioinformàtica R en l'entorn R Studio per treballar amb dades d'epigenètica nutricional.


Fonts d'informació

Bàsica

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/epigenomics/
http://www.nugo.org/everyone
Complementària

Recomanacions


 
Other comments
Tenir coneixements bàsics d'epigenètica i bioinformàtica, els quals s'aplicaran en l'estudi de nutrigenòmica
(*)The teaching guide is the document in which the URV publishes the information about all its courses. It is a public document and cannot be modified. Only in exceptional cases can it be revised by the competent agent or duly revised so that it is in line with current legislation.