DADES IDENTIFICATIVES 2019_20
Assignatura (*) METABOLÒMICA I TRACTAMENT DE DADES Codi 13675215
Ensenyament
Nutrició i Metabolisme (2012)
Cicle 2n
Descriptors Crèd. Tipus Curs Període
3 Optativa Juny, Jul., Set.
Llengua d'impartició
Castellà
Departament Eng. Electrònica, Elèctrica i Automàtica
Coordinador/a
YANES TORRADO, ÓSCAR
Adreça electrònica oscar.yanes@urv.cat
Professors/es
YANES TORRADO, ÓSCAR
Web http://moodle.urv.cat/
Descripció general i informació rellevant La assignatura introduirà al alumne al món del tractament de dades utilitzant eines bioinformàtiques i estadístiques. Introducció a les ciències ómiques (genòmica, transcriptòmica, proteòmica i metabolòmica) per l’estudi de sistemes biològics. Es farà servir la metabolòmica com a exemple i fil conductor i com a tecnologia per la generació masiva de dades. Es faran pràctiques amb eines informàtiques amb la plataforma R utilitzant dades de diferents experiments de metabolomica.

Competències
Tipus A Codi Competències Específiques
  Comú
  Professionalitzador
  Recerca
  AR1 Especialitat "Recerca": Analitzar les últimes tendències en la investigació en nutrició.
  AR3 Especialitat "Recerca": Aplicar l'anàlisi de dades adequat als estudis nutricionals.
  AR4 Especialitat "Recerca": Saber establir hipòtesi de treball i objectius.
Tipus B Codi Competències Transversals
  Comú
Tipus C Codi Competències Nuclears

Objectius d'aprenentatge
Objectius Competències
Aplicar mètodes estadístics adequats a l'estudi nutricional. AR1
AR3
AR4

Continguts
Tema Subtema
1. Introducció 1.1-Desenvolupament de la assignatura

1.2-Desenvolupament de les pràctiques
2. Estadistica bàsica 2.1. Conceptes bàsics

2.2. Confirmació d'hipòtesis

2.3. Anàlisi de variança

2.4. Diferents tipus de test

2.5. Taules de contingència
3. Ciencies ómiques 3.1 Genòmica

3.2 Transcriptòmica

3.3 Proteòmica

3.4 Metabolòmica

3.5 Biologia de sistemes
4. Metabolómica 4.1 Introducció a la resonancia magnética nuclear i l’espectrometria de mases

4.2 Diseny experimental

4.3. Processat de dades reals: detecció de pics, alineament i tractament estadístic (métodes multivariants i univariants)

4.4. Bases de dades i identificació de metabolits
5. Metabolomica aplicada 5.1 Diferenciació de cel.lules mare

5.2 Dolor neuropàtic

5.3 Diabetes i obesitat

Planificació
Metodologies  ::  Proves
  Competències (*) Hores a classe Hores fora de classe (**) Hores totals
Activitats Introductòries
1 1 2
 
Sessió Magistral
20 20 40
Treballs
2 8 10
Pràctiques a través de TIC en aules informàtiques
0 0 0
Presentacions / exposicions
2 8 10
 
Atenció personalitzada
0 0 0
 
Proves de desenvolupament
2 10 12
 
(*) En el cas de docència no presencial, són les hores de treball amb suport vitual del professor.
(**) Les dades que apareixen a la taula de planificació són de caràcter orientatiu, considerant l’heterogeneïtat de l’alumnat

Metodologies
Metodologies
  Descripció
Activitats Introductòries Presentació de l’assignatura: objectius, metodologia docent i avaluació.
Sessió Magistral Consistirà en sessions de 50 + 50 minuts (amb descans al mig) a on el professor exposarà la materia. Lluny de ser classes merament expositòries, es pretén generar amb el material un debat obert i animat sobre cada tema.
Treballs
Pràctiques a través de TIC en aules informàtiques Els alumnes assistiran a laboratori a on se'ls proposaran exercicis de estadistica i disseny experimental amb la plataforma de càlcul R. També se’ls introduirà en la comprensió d’articles científics de metabolómica i la seva discussió.
Presentacions / exposicions
Atenció personalitzada

Atenció personalitzada
 
Atenció personalitzada
Descripció

Avaluació
  Descripció Pes
Treballs En grup (3 persones): escollir un article científic que el profesor oferirà i desenvolupar-ho (25%)

Individual: programació amb R pel processat de dades metabolómiques (25%)
50%
Presentacions / exposicions
Proves de desenvolupament Serà de desenvolupament. En l’examen s’avaluarà la comprensió de la teoria i tindrà una part pràctica on els estudiants hauran de resoldre per escrit un cas real d’experiment metabolomic 50%
 
Altres comentaris i segona convocatòria

Durant les proves d'avaluació, els telèfons mòbils, tablets i altres aparells que no siguin expressament autoritzats per la prova, han d'estar apagats i fora de la vista. La realització demostrativament fraudulenta d'alguna activitat avaluativa d'alguna assignatura tant en suport material com virtual i electrònic comporta a l'estudiant la nota de suspens d'aquesta activitat avaluativa. Amb independència d'això, davant la gravetat dels fets, el centre pot proposar la iniciació d'un expedient disciplinari, que serà incoat mitjançant resolució del rector o rectora.


Fonts d'informació

Bàsica
  • Gary J. Patti, Oscar Yanes & Gary Siuzdak, Metabolomics: the apogee of the omics trilogy, Nature Reviews Molecular Cell Biology 13, 263-269.
  • Yates JR, Park SK, Delahunty CM, Xu T, Savas JN, Cociorva D, Carvalho PC, Toward objective evaluation of proteomic algorithms, Nat Methods, 2012 Apr 27;9(5):455-6.
  • Schellenberger J, Que R, Fleming RM, Thiele I, Orth JD, Feist AM, Zielinski DC, Bordbar A, Lewis NE,, Quantitative prediction of cellular metabolism with constraint-based models: the COBRA Toolbox v2.0., Nat Protoc., 2011 Aug 4;6(9):1290-307
  • Oberhardt MA, Palsson BØ, Papin JA, Applications of genome-scale metabolic reconstructions, Mol Syst Biol, 2009;5:320
Complementària

Recomanacions


(*)La Guia docent és el document on es visualitza la proposta acadèmica de la URV. Aquest document és públic i no es pot modificar, llevat de casos excepcionals revisats per l'òrgan competent/ o degudament revisats d'acord amb la normativa vigent