IDENTIFYING DATA 2019_20
Subject (*) BIOINFORMÀTICA Code 19204103
Study programme
Grau de Biotecnologia (2009)
 Cycle 1r
Descriptors Credits Type Year Period Exam timetables and dates
6 Obligatòria Segon Juny, Jul., Set.
Modality and teaching language See working groups
Department Bioquímica i Biotecnologia
Coordinator
GARCIA VALLVE, SANTIAGO
 E-mail eduardo.guzman@urv.cat
miguelangel.montero@urv.cat
santi.garcia-vallve@urv.cat
josep.gomez@urv.cat
bryanpercy.saldivar@urv.cat
guillem.macip@urv.cat
Lecturers
GUZMAN DESCARREGA, EDUARDO
MONTERO SIMÓ, MIGUEL ANGEL
GARCIA VALLVE, SANTIAGO
GÓMEZ ALVAREZ, JOSEP
SALDIVAR ESPINOZA, BRYAN PERCY
MACIP SANCHO, GUILLEM
Web http://moodle.urv.cat
General description and relevant information L’objectiu d’aquesta assignatura és proporcionar-vos els coneixements bàsics sobre la teoria i les aplicacions pràctiques de les principals eines i bases de dades bioinformàtiques per analitzar seqüències de DNA i proteïnes i fer cerques bibliogràfiques.

Competències
Type A Code Competences Specific
 A7 Saber buscar, obtenir, analitzar i interpretar la informació de les principals bases de dades biològiques: genòmiques, transcriptòmiques, proteòmiques, metabolòmiques, taxonòmiques i altres, així com de dades bibliogràfiques, i usar les eines bioinformàtiques bàsiques
Type B Code Competences Transversal
 CT1 Utilitzar informació en llengua estrangera d’una manera eficaç.
 CT2 Gestionar la informació i el coneixement mitjançant l’ús eficient de les TIC
Type C Code Competences Nuclear

Resultats d'aprenentage
Type A Code Learning outcomes
 A7 Utilitzar les eines bioinformàtiques per a: a) analitzar estructures i seqüències de proteïnes i àcids nucleics, i b) cercar informació en les principals bases de dades biològiques i bibliogràfiques
Type B Code Learning outcomes
 CT1 Utilitzar informació en llengua estrangera d’una manera eficaç.
 CT2 Dominar les eines per gestionar la pròpia identitat i les activitats en un entorn digital. (Ser digital)
Cercar i obtenir informació de manera autònoma amb criteris de fiabilitat i pertinença. (Cercar)
Organitzar la informació amb les eines adients (en línia i presencials) que li permetin desenvolupar les seves activitats acadèmiques. (Organitzar)
Elaborar informació amb les eines i formats adients a la situació comunicativa, i fer-ho de manera honesta. (Crear)
Utilitzar les TIC per compartir i intercanviar informació. (Compartir)
Type C Code Learning outcomes

Continguts
Topic Sub-topic
1) Introducció Definició i àmbit d’estudi
Portals de bioinformàtica (EBI-EMBL, NCBI, Expasy)
2) Introducció al sistema operatiu LINUX Introducció als sistemes operatius. Instal.lació de paquets. Tasques senzilles per terminal.
3) Bases de dades bioinformàtiques Bases de dades bibliogràfiques (PubMed, ISI Web of Knowledge), bases de dades de seqüències (UniProt, GenBank). Altres bases de dades.
4) Cerca i anàlisi de seqüències Concepte d’homologia. Alineaments de parells de seqüències (algoritmes de Needelman-Wunsch i Smith-Waterman). Dotplots. Matrius de substitució (PAM, Blosum). Cerca de seqüències semblants (BLAST).
5) Alineaments múltiples i construcció d’arbres filogenètics Programes d’alineament múltiple de seqüències (Clustal). Bases de dades derivades de multialineaments (PROSITE). Mètodes de reconstrucció filogenètica. Visualització d’arbres filogenètics.

Planificació
Methodologies  ::  Tests
  Competences (*) Class hours
 Hours outside the classroom
 (**) Total hours
Activitats Introductòries
2 2 4
Sessió Magistral
A7
 28 28 56
Pràctiques a través de TIC
A7
 30 30 60
Treballs
CT1
CT2
 2 15 17
Atenció personalitzada
4 0 4
 
Proves mixtes
A7
 3 0 3
Proves pràctiques
A7
CT2
 6 0 6
 
(*) On e-learning, hours of virtual attendance of the teacher.
(**) The information in the planning table is for guidance only and does not take into account the heterogeneity of the students.

Metodologies
Methodologies
  Description
Activitats Introductòries S'introduirà l'assignatura i s'explicitaran els objectius.
Sessió Magistral Classe magistral. S'estimularà la participació dels alumnes, fent preguntes durant la classe relacionades amb el que s'està explicant i que els obligui a pensar i a reflexionar.
Pràctiques a través de TIC Pràctiques en l'aula d'informàtica. Es realitzaran exercicis emprant bases de dades i servidors d'internet.
Treballs Treball: Cerca bibliogràfica d'un tema triat per l'estudiant
Atenció personalitzada Resolució de dubtes de forma presencial o no presencial.

Atenció personalitzada
Description
Mitjançant el fòrum de l'assignatura a través del Moodle, o de forma presencial amb el professor.

Avaluació
Methodologies Competences Description Weight        
Pràctiques a través de TIC
A7
 Resolució de forma individual d'un qüestionari per cada tema. 10%
Treballs
CT1
CT2
 Cerca bibliogràfica d'un tema triat per l'estudiant 20%
Proves mixtes
A7
 Examen teòric-pràctic dels temes 1,3-5 45%
Proves pràctiques
A7
CT2
 Examen pràctic del Tema 2 (linux) 25%
Others  
 
Other comments and second exam session

L'avaluació de la segona convocatòria consistirà en un examen i l'avaluació dels qüestionaris, exercici (cerca bibliogràfica) i prova pràctica (linux) amb els mateixos pesos que en la 1a convocatòria. És requisit imprescindible presentar el treball i fer l'examen de linux per aprovar l'assignatura. Caldrà treure un mínim de 4.0 de l'examen dels temes 1, 3, 4 i 5 (tant en primera com en segona convocatòria) per a que compti la nota de l'avaluació dels qüestionaris.

No es guarda cap nota de cursos anteriors.

Es prohibeix l'ús o tinença de dispositius de comunicació i transmissió de dades (mòbils, ....) durant la realització de les proves a excepció del consentiment exprés del professor. Durant les proves d'avaluació, els telèfons mòbils, tablets i altres aparells que no siguin expressament autoritzats per la prova, han d'estar apagats i fora de la vista. La realització demostrativament fraudulenta d'alguna activitat avaluativa d'alguna assignatura tant en suport material com virtual i electrònic comporta a l'estudiant la nota de suspens d'aquesta activitat avaluativa. Amb independència d'això, davant la gravetat dels fets, el centre pot proposar la iniciació d'un expedient disciplinari, que serà incoat mitjançant resolució del rector o rectora.


Fonts d'informació

Bàsica Lesk, Arthur M., Introduction to bioinformatics, Oxford: Oxford University Press, 2008
Attwood, Teresa K.; Parry-Smith, David J., Introducción a la bioinformática, Madrid: Prentice Hall, DL, 2002
Claverie, Jean-Michel; Notredame, Cedric, Bioinformatics for dummies, New York: Wiley Pub., cop., 2007
Gibas, Cynthia; Jambeck, Per, Developing bioinformatics computer skills, Beijing: O'Reilly, 2001

Complementària

Garcia-Vallve S & Puigbo P. Ciento cincuenta años tras el árbol de la vida. Nuevos retos sobre el origen de las especies. Revista de la SEBBM. Junio 2009. Num. 160:18-21

Recomanacions


Subjects that it is recommended to have taken before
ESTRUCTURA I FUNCIÓ DE BIOMOLÈCULES/19204107
(*)The teaching guide is the document in which the URV publishes the information about all its courses. It is a public document and cannot be modified. Only in exceptional cases can it be revised by the competent agent or duly revised so that it is in line with current legislation.