DATOS IDENTIFICATIVOS 2019_20
Asignatura (*) BIOINFORMÀTICA Código 19204103
Titulación
Grau de Biotecnologia (2009)
 Ciclo 1r
Descriptores Cr.totales Tipo Curso Periodo Horarios y datos del examen
6 Obligatòria Segon Juny, Jul., Set.
Modalidad y lengua de impartición Ver grupos de trabajo
Departamento Bioquímica i Biotecnologia
Coordinador/a
GARCIA VALLVE, SANTIAGO
 Correo-e eduardo.guzman@urv.cat
miguelangel.montero@urv.cat
santi.garcia-vallve@urv.cat
josep.gomez@urv.cat
bryanpercy.saldivar@urv.cat
guillem.macip@urv.cat
Profesores/as
GUZMAN DESCARREGA, EDUARDO
MONTERO SIMÓ, MIGUEL ANGEL
GARCIA VALLVE, SANTIAGO
GÓMEZ ALVAREZ, JOSEP
SALDIVAR ESPINOZA, BRYAN PERCY
MACIP SANCHO, GUILLEM
Web http://moodle.urv.cat
Descripción general e información relevante L’objectiu d’aquesta assignatura és proporcionar-vos els coneixements bàsics sobre la teoria i les aplicacions pràctiques de les principals eines i bases de dades bioinformàtiques per analitzar seqüències de DNA i proteïnes i fer cerques bibliogràfiques.

Competències
Tipo A Código Competencias Específicas
 A7 Saber buscar, obtenir, analitzar i interpretar la informació de les principals bases de dades biològiques: genòmiques, transcriptòmiques, proteòmiques, metabolòmiques, taxonòmiques i altres, així com de dades bibliogràfiques, i usar les eines bioinformàtiques bàsiques
Tipo B Código Competencias Transversales
 CT1 Utilitzar informació en llengua estrangera d’una manera eficaç.
 CT2 Gestionar la informació i el coneixement mitjançant l’ús eficient de les TIC
Tipo C Código Competencias Nucleares

Resultats d'aprenentage
Tipo A Código Resultados de aprendizaje
 A7 Utilitzar les eines bioinformàtiques per a: a) analitzar estructures i seqüències de proteïnes i àcids nucleics, i b) cercar informació en les principals bases de dades biològiques i bibliogràfiques
Tipo B Código Resultados de aprendizaje
 CT1 Utilitzar informació en llengua estrangera d’una manera eficaç.
 CT2 Dominar les eines per gestionar la pròpia identitat i les activitats en un entorn digital. (Ser digital)
Cercar i obtenir informació de manera autònoma amb criteris de fiabilitat i pertinença. (Cercar)
Organitzar la informació amb les eines adients (en línia i presencials) que li permetin desenvolupar les seves activitats acadèmiques. (Organitzar)
Elaborar informació amb les eines i formats adients a la situació comunicativa, i fer-ho de manera honesta. (Crear)
Utilitzar les TIC per compartir i intercanviar informació. (Compartir)
Tipo C Código Resultados de aprendizaje

Continguts
tema Subtema
1) Introducció Definició i àmbit d’estudi
Portals de bioinformàtica (EBI-EMBL, NCBI, Expasy)
2) Introducció al sistema operatiu LINUX Introducció als sistemes operatius. Instal.lació de paquets. Tasques senzilles per terminal.
3) Bases de dades bioinformàtiques Bases de dades bibliogràfiques (PubMed, ISI Web of Knowledge), bases de dades de seqüències (UniProt, GenBank). Altres bases de dades.
4) Cerca i anàlisi de seqüències Concepte d’homologia. Alineaments de parells de seqüències (algoritmes de Needelman-Wunsch i Smith-Waterman). Dotplots. Matrius de substitució (PAM, Blosum). Cerca de seqüències semblants (BLAST).
5) Alineaments múltiples i construcció d’arbres filogenètics Programes d’alineament múltiple de seqüències (Clustal). Bases de dades derivades de multialineaments (PROSITE). Mètodes de reconstrucció filogenètica. Visualització d’arbres filogenètics.

Planificació
Metodologías  ::  Pruebas
  Competencias (*) Horas en clase
 Horas fuera de clase
 (**) Horas totales
Activitats Introductòries
2 2 4
Sessió Magistral
A7
 28 28 56
Pràctiques a través de TIC
A7
 30 30 60
Treballs
CT1
CT2
 2 15 17
Atenció personalitzada
4 0 4
 
Proves mixtes
A7
 3 0 3
Proves pràctiques
A7
CT2
 6 0 6
 
(*) En el caso de docencia no presencial, serán las horas de trabajo con soporte virtual del profesor.
(**) Los datos que aparecen en la tabla de planificación son de carácter orientativo, considerando la heterogeneidad de los alumnos

Metodologies
Metodologías
  descripción
Activitats Introductòries S'introduirà l'assignatura i s'explicitaran els objectius.
Sessió Magistral Classe magistral. S'estimularà la participació dels alumnes, fent preguntes durant la classe relacionades amb el que s'està explicant i que els obligui a pensar i a reflexionar.
Pràctiques a través de TIC Pràctiques en l'aula d'informàtica. Es realitzaran exercicis emprant bases de dades i servidors d'internet.
Treballs Treball: Cerca bibliogràfica d'un tema triat per l'estudiant
Atenció personalitzada Resolució de dubtes de forma presencial o no presencial.

Atenció personalitzada
descripción
Mitjançant el fòrum de l'assignatura a través del Moodle, o de forma presencial amb el professor.

Avaluació
Metodologías Competencias descripción Peso        
Pràctiques a través de TIC
A7
 Resolució de forma individual d'un qüestionari per cada tema. 10%
Treballs
CT1
CT2
 Cerca bibliogràfica d'un tema triat per l'estudiant 20%
Proves mixtes
A7
 Examen teòric-pràctic dels temes 1,3-5 45%
Proves pràctiques
A7
CT2
 Examen pràctic del Tema 2 (linux) 25%
Otros  
 
Otros comentarios y segunda convocatoria

L'avaluació de la segona convocatòria consistirà en un examen i l'avaluació dels qüestionaris, exercici (cerca bibliogràfica) i prova pràctica (linux) amb els mateixos pesos que en la 1a convocatòria. És requisit imprescindible presentar el treball i fer l'examen de linux per aprovar l'assignatura. Caldrà treure un mínim de 4.0 de l'examen dels temes 1, 3, 4 i 5 (tant en primera com en segona convocatòria) per a que compti la nota de l'avaluació dels qüestionaris.

No es guarda cap nota de cursos anteriors.

Es prohibeix l'ús o tinença de dispositius de comunicació i transmissió de dades (mòbils, ....) durant la realització de les proves a excepció del consentiment exprés del professor. Durant les proves d'avaluació, els telèfons mòbils, tablets i altres aparells que no siguin expressament autoritzats per la prova, han d'estar apagats i fora de la vista. La realització demostrativament fraudulenta d'alguna activitat avaluativa d'alguna assignatura tant en suport material com virtual i electrònic comporta a l'estudiant la nota de suspens d'aquesta activitat avaluativa. Amb independència d'això, davant la gravetat dels fets, el centre pot proposar la iniciació d'un expedient disciplinari, que serà incoat mitjançant resolució del rector o rectora.


Fonts d'informació

Bàsica Lesk, Arthur M., Introduction to bioinformatics, Oxford: Oxford University Press, 2008
Attwood, Teresa K.; Parry-Smith, David J., Introducción a la bioinformática, Madrid: Prentice Hall, DL, 2002
Claverie, Jean-Michel; Notredame, Cedric, Bioinformatics for dummies, New York: Wiley Pub., cop., 2007
Gibas, Cynthia; Jambeck, Per, Developing bioinformatics computer skills, Beijing: O'Reilly, 2001

Complementària

Garcia-Vallve S & Puigbo P. Ciento cincuenta años tras el árbol de la vida. Nuevos retos sobre el origen de las especies. Revista de la SEBBM. Junio 2009. Num. 160:18-21

Recomanacions


Asignaturas que se recomienda haber cursado previamente
ESTRUCTURA I FUNCIÓ DE BIOMOLÈCULES/19204107
(*)La Guía docente es el documento donde se visualiza la propuesta académica de la URV. Este documento es público y no es modificable, excepto en casos excepcionales revisados por el órgano competente o debidamente revisado de acuerdo la normativa vigente.