IDENTIFYING DATA 2020_21
Subject (*) BIOINFORMÀTICA Code 13214103
Study programme
Grau de Bioquímica i Biologia Molecular (2009)
 Cycle 1r
Descriptors Credits Type Year Period Exam timetables and dates
6 Obligatòria Segon 2Q
Modality and teaching language See working groups
Department Bioquímica i Biotecnologia
Coordinator
GARCIA VALLVE, SANTIAGO
 E-mail miguelangel.montero@urv.cat
santi.garcia-vallve@urv.cat
josep.gomez@urv.cat
bryanpercy.saldivar@urv.cat
guillem.macip@urv.cat
Lecturers
MONTERO SIMÓ, MIGUEL ANGEL
GARCIA VALLVE, SANTIAGO
GÓMEZ ALVAREZ, JOSEP
SALDIVAR ESPINOZA, BRYAN PERCY
MACIP SANCHO, GUILLEM
Web http://moodle.urv.cat
General description and relevant information

L’objectiu d’aquesta assignatura és proporcionar-vos els coneixements bàsics sobre la teoria i les aplicacions pràctiques de les principals eines i bases de dades bioinformàtiques per analitzar seqüències de DNA i proteïnes i fer cerques bibliogràfiques.

En aquesta assignatura, la docència de teoria i problemes serà presencial amb horari programat si la situació d’emergència sanitària per la Covid-19 ho permet.

Competències
Type A Code Competences Specific
 CE7 Saber buscar, obtenir, analitzar i interpretar la informació de les principals bases de dades biològiques: genòmiques, transcriptòmiques, proteòmiques, metabolòmiques, taxonòmiques i altres, així com de dades bibliogràfiques, i usar les eines bioinformàtiques bàsiques.
 CE11 Ser capaç d'apreciar la potencialitat i la velocitat dels canvis en Bioquímica.
Type B Code Competences Transversal
 CT1 Utilitzar informació en llengua estrangera d’una manera eficaç
 CT2 Gestionar la informació i el coneixement mitjançant l’ús eficient de les TIC
Type C Code Competences Nuclear

Resultats d'aprenentage
Type A Code Learning outcomes
 CE7 Capacitació en l'ús d'eines bioinformàtiques per a: a) analitzar estructures i seqüències de proteïnes i àcids nucleics b) recerca d'informació en les principals bases de dades biològiques i bibliogràfiques
 CE11 Capacitació en l'ús d'eines bioinformàtiques per a: a) analitzar estructures i seqüències de proteïnes i àcids nucleics b) recerca d'informació en les principals bases de dades biològiques i bibliogràfiques
Type B Code Learning outcomes
 CT1 Utilitzar informació en llengua estrangera d’una manera eficaç
 CT2 Dominar les eines per gestionar la pròpia identitat i les activitats en un entorn digital. (Ser digital)
Cercar i obtenir informació de manera autònoma amb criteris de fiabilitat i pertinença. (Cercar)
Organitzar la informació amb les eines adients (en línia i presencials) que li permetin desenvolupar les seves activitats acadèmiques. (Organitzar)
Elaborar informació amb les eines i formats adients a la situació comunicativa, i fer-ho de manera honesta. (Crear)
Utilitzar les TIC per compartir i intercanviar informació. (Compartir)
Type C Code Learning outcomes

Continguts
Topic Sub-topic
1) Introducció Definició i àmbit d’estudi
Portals de bioinformàtica (EBI-EMBL, NCBI, Expasy)
2) Bases de dades bioinformàtiques Bases de dades bibliogràfiques (PubMed, ISI Web of Knowledge), bases de dades de seqüències (UniProt, GenBank). Altres bases de dades.
3) Introducció al sistema operatiu LINUX i al llenguatge de programació Python Introducció al sistema operatiu LINUX. Instal.lació de paquets. Tasques senzilles per terminal. Introducció al llenguatge de programació Python.
4) Cerca i anàlisi de seqüències Concepte d’homologia. Alineaments de parells de seqüències (algoritmes de Needelman-Wunsch i Smith-Waterman). Dotplots. Matrius de substitució (PAM, Blosum). Cerca de seqüències semblants (BLAST).
5) Alineaments múltiples i construcció d’arbres filogenètics Programes d’alineament múltiple de seqüències (Clustal). Bases de dades derivades de multialineaments (PROSITE). Mètodes de reconstrucció filogenètica. Visualització d’arbres filogenètics.

Planificació
Methodologies  ::  Tests
  Competences (*) Class hours
 Hours outside the classroom
 (**) Total hours
Activitats Introductòries
2 1 3
Sessió Magistral
CE7
CE11
 28 21 49
Pràctiques a través de TIC
CE7
CE11
 20 30 50
Treballs
CT1
CT2
 3 10 13
Treballs col·laboratius.
CE7
CE11
 3 10 13
Atenció personalitzada
4 0 4
 
Proves pràctiques
CE7
CE11
 2 16 18
 
(*) On e-learning, hours of virtual attendance of the teacher.
(**) The information in the planning table is for guidance only and does not take into account the heterogeneity of the students.

Metodologies
Methodologies
  Description
Activitats Introductòries S'introduirà l'assignatura i s'explicitaran els objectius.
Sessió Magistral Classe magistral. S'estimularà la participació dels alumnes, fent preguntes durant la classe relacionades amb el que s'està explicant i que els obligui a pensar i a reflexionar.
Pràctiques a través de TIC Pràctiques en l'aula d'informàtica. Es realitzaran exercicis emprant bases de dades i servidors d'internet.
Treballs Cerca bibliogràfica d'un tema
Treballs col·laboratius. Treball en grup
Atenció personalitzada Resolució de dubtes de forma presencial o no presencial.

Atenció personalitzada
Description

Temps que cada professor té reservat per atendre i resoldre dubtes als alumnes. A causa de l’emergència sanitària, l’atenció a l’estudiant es podrà realitzar mitjançant reunions on line, en horaris concertats prèviament per correu electrònic, o mitjançant altres eines virtuals (fòrum del Moodle, Microsoft Teams, ...)

Avaluació
Methodologies Competences Description Weight        
Pràctiques a través de TIC
CE7
CE11
 Resolució de forma individual d'un qüestionari per cada tema. 10%
Treballs
CT1
CT2
 Cerca bibliogràfica 20%
Treballs col·laboratius.
CE7
CE11
 Treball en grup - Python 20%
Proves pràctiques
CE7
CE11
 Examen teòric-pràctic 50%
Others  
 
Other comments and second exam session

És requisit imprescindible presentar els treballs per aprovar l'assignatura. Caldrà treure un mínim de 4.0 en l'examen (tant en primera com en segona convocatòria) perquè compti la nota de l'avaluació dels qüestionaris. L'avaluació de la segona convocatòria consistirà en un examen, mantenint la nota dels qüestionaris, cerca bibliogràfica i treball python amb els mateixos pesos que en la 1a convocatòria.

No es guarden notes de les activitats/exàmens de cursos anteriors.

Els exàmens es realitzaran de forma presencial. A causa de l'emergència sanitària, en cas de confinament o de restriccions en la mobilitat, les activitats avaluatives, inclosos els exàmens, es farien online en les dates previstes. ?En l'espai Moodle de cada assignatura hi podreu consultar la informació actualitzada.

Fonts d'informació

Bàsica Lesk, Arthur M., Introduction to bioinformatics, Oxford: Oxford University Press, 2008
Attwood, Teresa K.; Parry-Smith, David J., Introducción a la bioinformática, Madrid: Prentice Hall, DL, 2002
Claverie, Jean-Michel; Notredame, Cedric, Bioinformatics for dummies, New York: Wiley Pub., cop., 2007
Gibas, Cynthia; Jambeck, Per, Developing bioinformatics computer skills, Beijing: O'Reilly, 2001
Solé-Llussà A; Casanoves M; Salvadó Z; Garcia-Vallve S; Valls C; Novo M, Annapurna expedition game: applying molecular biology tools to learn genetics., , J Bio Educ. 2019 53(5):516-523. doi:10.1080/002192

Complementària

Garcia-Vallve S & Puigbo P. Ciento cincuenta años tras el árbol de la vida. Nuevos retos sobre el origen de las especies. Revista de la SEBBM. Junio 2009. Num. 160:18-21

Recomanacions
(*)The teaching guide is the document in which the URV publishes the information about all its courses. It is a public document and cannot be modified. Only in exceptional cases can it be revised by the competent agent or duly revised so that it is in line with current legislation.