IDENTIFYING DATA 2020_21
Subject (*) ENGINYERIA DE PROTEÏNES Code 19204222
Study programme
Grau de Biotecnologia (2009)
Cycle 1r
Descriptors Credits Type Year Period Exam timetables and dates
3 Optativa 1Q
Modality and teaching language
Department Bioquímica i Biotecnologia
Coordinator
PUJADAS ANGUIANO, GERARD
E-mail gerard.pujadas@urv.cat
Lecturers
PUJADAS ANGUIANO, GERARD
Web http://moodle.urv.cat
General description and relevant information

En el cas d’emergència sanitària que requereixi confinar la població o que impliqui restriccions de mobilitat durant aquest curs, es procurarà adaptar l'activitat docent i l'avaluació. Si es produeix aquesta situació, s'informarà d'aquestes adaptacions a l’espai Moodle de cada assignatura.


L'assignatura dóna les bases (teòriques i pràctiques) per a entendre quines són les propietats d'una proteïna susceptibles de ser millorades, com fer aquestes millores i predir l'efecte dels canvis realitzats en la seqüència proteica sobre la seva estructura.

En aquesta assignatura, la docència serà mixta (presencial i a distància, simultàniament). Així doncs, es seguirà un model amb horari programat, és a dir, els estudiants es dividiran en dos grups: un grup seguirà la classe a l’aula (presencial) alhora que l’altre grup segueix la classe a distància (online). Els dos grups alternaran els modes presencial i online en dies establerts. En les sessions presencials es tindran en compte les limitacions imposades per la COVID-19. En el cas que la situació sanitària no permeti la realització de les sessions de forma presencial, l’assignatura es realitzarà exclusivament en format on-line.

Competències
Type A Code Competences Specific
 A8 Analitzar adequadament dades i resultats experimentals propis dels àmbits de Biotecnologia amb tècniques estadístiques, i saber-los interpretar
Type B Code Competences Transversal
Type C Code Competences Nuclear

Resultats d'aprenentage
Type A Code Learning outcomes
 A8 Utilitzar diferents bases de dades (e.g., PDB, SCOP, …) per tal d'esbrinar quines són les principals característiques de l'estructura d'una determinada proteïna
Utilitzar programes informàtics per tal d'analitzar l'estructura de les proteïnes
Type B Code Learning outcomes
Type C Code Learning outcomes

Continguts
Topic Sub-topic
1. Estructura tridimensional de les proteïnes 1.1. El binomi SPdbV/SwissModel com a eines computacionals en el camp de l'enginyeria de proteïnes

1.2. Proteïnes amb estructura coneguda: anàlisi de la seva estructura 3D
2. Fonaments de l'enginyeria de proteïnes. 2.1. Aplicació de l'enginyeria de proteïnes per tal d'introduir mutacions que millorin la termostabilitat d'un enzim.

2.2. Aplicació de l'enginyeria de proteïnes per tal d'introduir mutacions que adaptin l'activitat d'un enzim a baixes temperatures.
3. Disseny de novo de proteïnes

Planificació
Methodologies  ::  Tests
  Competences (*) Class hours
Hours outside the classroom
(**) Total hours
Activitats Introductòries
1 0 1
Sessió Magistral
A8
10 15 25
Pràctiques a través de TIC en aules informàtiques
A8
20 25 45
Atenció personalitzada
2 0 2
 
Proves objectives de preguntes curtes
A8
2 0 2
 
(*) On e-learning, hours of virtual attendance of the teacher.
(**) The information in the planning table is for guidance only and does not take into account the heterogeneity of the students.

Metodologies
Methodologies
  Description
Activitats Introductòries Presentació de l'assignatura (amb detall de la metodologia docent que s'emprarà i dels criteris d'avaluació)
Sessió Magistral Explicacions teòriques que es realitzaran a l'aula d'informàtica i que aniran seguides d'un exercici pràctic (no avaluable) per part dels alumnes o de la visualització d'un vídeo per tal d'exemplificar les explicacions teòriques
Pràctiques a través de TIC en aules informàtiques Exercici pràctic on, en grups de tres o quatre alumnes, es realitzarà un exercici pràctic d'anàlisi per mètodes computacionals de l'estructura d'una proteïna i se'ls hi demanarà que, en funció d'aquesta anàlisi, suggereixin quins canvis es podrien realitzar en la seva seqüència per tal de millorar alguna propietat (e.g., termoestabilitat, etc.) respecte a la proteïna nativa
Atenció personalitzada Els alumnes poden consultar els seus dubtes directament al professor anant al seu despatx (el 106) durant les hores de visita (veure web institucional) o també enviant un correu des del moodle.

Atenció personalitzada
Description
Els alumnes poden consultar els seus dubtes directament al professor anant al seu despatx (el 106) durant les hores de visita (veure web institucional) o també enviant un correu des del moodle.

Avaluació
Methodologies Competences Description Weight        
Pràctiques a través de TIC en aules informàtiques
A8
Exercici pràctic on, en grups de tres o quatre alumnes, es realitzarà un exercici pràctic d'anàlisi per mètodes computacionals de l'estructura d'una proteïna i se'ls hi demanarà que, en funció d'aquesta anàlisi, suggereixin quins canvis es podrien realitzar en la seva seqüència per tal de millorar alguna propietat (e.g., termoestabilitat, etc.) respecte a la proteïna nativa Aquestes pràctiques poden proporcionar un màxim de 5/10 en la qualificació final de l'assignatura.

Estas prácticas pueden proporcionar un máximo de 5/10 en la calificación final de la asignatura.

These practices can contribute a maximum of 5 points out of 10 to the final grade of the subject.
Proves objectives de preguntes curtes
A8
Una única prova on l'alumne haurà de respondre a tot un seguit de preguntes objectives curtes que demostrin quin és el nivell d'aprofitament individual que ha assolit en l'assignatura Aquesta prova objectiva pot proporcionar un màxim de 5/10 en la qualificació final de l'assignatura.

Esta prueba objetiva puede proporcionar un máximo de 5/10 en la calificación final de la asignatura.

This test can provide a maximum of 5 points out of 10 to the final grade of the subject.

Others  
 
Other comments and second exam session

Els exàmens seran presencials però, si la situació sanitària ho recomana, es canviaran a modalitat no presencial. En aquest cas, els alumnes tindran un temps fixat pel professor per a entregar cada pregunta. Per exemple, es disposarà d'un temps determinat per a contestar la primera pregunta i penjar-la a la tasca corresponent del moodle (passat aquest temps, no es podrà penjar la resposta a la pregunta). A continuació, i seguint el mateix esquema que per a la primera pregunta, caldrà que contestin a la segona (i així successivament per a la resta de preguntes de l'examen).

En la segona convocatòria sols es realitzarà la part equivalent a les proves objectives de preguntes curtes de la primera convocatòria (amb idèntic pes en la nota final). Això vol dir que la nota obtinguda en la part de "Pràctiques a través de TIC en aules informàtiques" de la primera convocatòria serà vàlida també per a la segona convocatòria.

Durant les proves d'avaluació, els telèfons mòbils, tablets i altres aparells que no siguin expressament autoritzats per la prova, han d'estar apagats i fora de la vista. La realització demostrativament fraudulenta d'alguna activitat avaluativa d'alguna assignatura tant en suport material com virtual i electrònic comporta a l'estudiant la nota de suspens d'aquesta activitat avaluativa. Amb independència d'això, davant la gravetat dels fets, el centre pot proposar la iniciació d'un expedient disciplinari, que serà incoat mitjançant resolució del rector o rectora.


Fonts d'informació

Bàsica Lesk, Arthur M., Introduction to protein science: architecture, function, and genomics, 2nd ed., 2010
Edited by Sheldon J. Park, Jennifer R. Cochran, Protein engineering and design, , 2010
Carlos Gómez-Moreno Calera y Javier Sancho Sanz, Estructura de proteínas, , 2003

Complementària

Recomanacions


Subjects that it is recommended to have taken before
ESTRUCTURA I FUNCIÓ DE BIOMOLÈCULES/19204107
(*)The teaching guide is the document in which the URV publishes the information about all its courses. It is a public document and cannot be modified. Only in exceptional cases can it be revised by the competent agent or duly revised so that it is in line with current legislation.