DADES IDENTIFICATIVES 2022_23
Assignatura (*) TECNOLOGIES ÒMIQUES I TRACTAMENT DE DADES Codi 17254112
Ensenyament
Grau en Enginyeria Biomèdica (2017)
Cicle 1r
Descriptors Crèd. Tipus Curs Període Horaris i dates d'examen
4.5 Obligatòria Tercer 1Q
Modalitat i llengua d'impartició
Departament Eng. Electrònica, Elèctrica i Automàtica
Coordinador/a
YANES TORRADO, ÓSCAR
Adreça electrònica oscar.yanes@urv.cat
maria.vinaixa@urv.cat
Professors/es
YANES TORRADO, ÓSCAR
VINAIXA CREVILLENT, MARIA
Web
Descripció general i informació rellevant
DESCRIPCIÓ GENERAL DE L'ASSIGNATURA: Aquesta assignatura és una introducció a les tecnologies òmiques i al seu ús per estudiar procesos biològics. L'objectiu principal és que l'alumne adquireixi una base conceptual i pràctica sobre tecnologies genòmiques, transcriptòmiques, proteòmiques i metabolòmiques. Experimentar els conceptes amb l'ajuda de casos pràctics i l'anàlisis de dades.

Competències
Tipus A Codi Competències Específiques
 CE8 Capacitat per entendre els principis biològics i de funcionament del cos humà en condicions de salut i malaltia, a fi de poder analitzar i dissenyar solucions tecnològiques aplicades en l'àmbit de la salut i de la biomedicina
 CE9 Capacitat per aplicar tests estadístics i algoritmes d'anàlisi multivariant en dades clíniques, òmics, bioquímics i d'altres fonts
 CE11 Capacitat per treballar en entorns Big Clinical Data, per generar i programar algoritmes de computació biològica i dissenyar i utilitzar eines bioinformàtiques
Tipus B Codi Competències Transversals
Tipus C Codi Competències Nuclears

Resultats d'aprenentage
Tipus A Codi Resultats d'aprenentatge
 CE8 Coneix els principis de la biologia molecular
 CE9 Coneix els conceptes de la genòmica i transcriptòmica, i les tècniques de seqüenciació massiva de l'ADN i ARNm.
Coneix els conceptes de la proteòmica i metabolòmica, i les tècniques identificació massiva de proteïnes i metabòlits.
Sap processar dades espectrals per a la quantificació i identificació de diferents biomolècules.
Sap analitzar, representar i comunicar dades òmics.
 CE11 Coneix els conceptes de la genòmica i transcriptòmica, i les tècniques de seqüenciació massiva de l'ADN i ARNm.
Coneix els conceptes de la proteòmica i metabolòmica, i les tècniques identificació massiva de proteïnes i metabòlits.
Sap processar dades espectrals per a la quantificació i identificació de diferents biomolècules.
Sap analitzar, representar i comunicar dades òmics.
Tipus B Codi Resultats d'aprenentatge
Tipus C Codi Resultats d'aprenentatge

Continguts
Tema Subtema
Introducció a la biologia molecular
Introducció a la genòmica, transcriptòmica, proteòmica i metabolòmica.
Disseny, fluxos de treball i fonts d'errors experimentals.
Tècniques experimentals.
Eines de processament de dades i bases de dades.
Aplicacions de les ciències òmiques.
Visualització i comunicació científica de dades òmics.

Planificació
Metodologies  ::  Proves
  Competències (*) Hores a classe
Hores fora de classe
(**) Hores totals
Activitats Introductòries
1 0 1
Sessió Magistral
CE8
CE9
CE11
20 17 37
Pràctiques a laboratoris
CE9
CE11
14 11 25
Projectes
CE8
5 31.5 36.5
Presentacions / exposicions
CE9
CE11
2 4 6
Atenció personalitzada
1 0 1
 
Proves objectives de tipus test
CE8
CE9
CE11
2 4 6
 
(*) En el cas de docència no presencial, són les hores de treball amb suport vitual del professor.
(**) Les dades que apareixen a la taula de planificació són de caràcter orientatiu, considerant l’heterogeneïtat de l’alumnat

Metodologies
Metodologies
  Descripció
Activitats Introductòries Presa de contacte i presentació de l'assignatura. Es dona una visió global del món de les ciències òmiques i es presenta el marc i les eines de treball que s'utilitzarà en l'assignatura

Sessió Magistral Exposició dels continguts de l'assignatura per part del profesor. Es presenten els conceptes de cada un dels temes, s'acompanya de presentacions i bibliografia específica


Pràctiques a laboratoris Presentació de l'entorn de treball R i la seva IDE R-Studio. Càrrega de lliberries. Es desenvolupen diverses pràctiques que treballen alguns dels conceptes presentats en les sessions magistrals, sobre tot en òmiques basades en l'espectrometria de mases

Projectes Treballar casos d'anàlisi de dades reals on s’implementen tècniques òmiques: disseny experimental, metodologia, tractament de dades, intepretació de resultats.
Presentacions / exposicions Els estudiants realitzaran exposicions orals d'un projecte en equip
Atenció personalitzada Consulta individualitzada per part de l'alumne al professor de dubtes concrets.

Atenció personalitzada
Descripció

Temps que cada professor té reservat per atendre i resoldre dubtes als alumnes. A causa de l’emergència sanitària, l’atenció a l’estudiant es podrà realitzar mitjançant reunions on line, en horaris concertats?prèviament per correu electrònic, o mitjançant altres eines virtuals.


Avaluació
Metodologies Competències Descripció Pes        
Pràctiques a laboratoris
CE9
CE11
Les pràctiques son obligatories però no evaluables 0%
Projectes
CE8
Projecte de pràctiques de laboratori individual que s'entregarà al final de la darrera sessió 50%
Presentacions / exposicions
CE9
CE11
En grups de 3-4 alumnes, hauran d'escollir un dels escenaris experimentals de recerca plantejats pel professor per desenvolupar-ho 10%
Proves objectives de tipus test
CE8
CE9
CE11
Setmanalment, i al final o inici de la classe que anuncïi el professor, els alumnes passaran una prova tipus test per fer un seguiment continuat. Pes: 20%.

Al final del temari de teoria els alumnes hauran de passar una prova global tipus test de tot el contingut. Pes: 20%
40%
Altres  
 
Altres comentaris i segona convocatòria

Els exàmens es realitzaran de forma presencial. A causa de l'emergència sanitària, en cas de confinament o de restriccions en la mobilitat, les activitats avaluatives, inclosos els exàmens, es farien online en les dates previstes. En l'espai Moodle de cada assignatura hi podreu consultar la informació actualitzada.

Les activitats avaluatives han d'estar previstes per poder realitzar-se en modalitat mixta o online en cas de confinament.

L'aprovat serà la mitjana ponderada pels percentatges del projecte, presentació i proves tipus test. En segona convocatòria els estudiants que no hagin superat una nota mínima de 5,0 tindran l'oportunitat de recuperar l'assignatura per mitjà d'un examen tipus test on es preguntarà tant la part de teoria com la de pràctiques. Tablets i ordinadors portàtils estan autoritzats durant les proves d'avaluació.


Fonts d'informació

Bàsica Ron Wehrens, Reza M Salek., Metabolomics: Practical Guide to Design and Analysis., 1st Edition, 2019
W. W. Norton & Company, Molecular Biology of the Cell, Edición: Sixth,
Garrett Grolemund & Hadley Wickham, R for Data Science, 1st Edition, https://r4ds.had.co.nz

Complementària Nature Reviews Genetics, Next-generation proteomics: towards an integrative view of proteome dynamics., Volume 14, pages 35–48, (2013).

Recomanacions

Assignatures que en continuen el temari
BIOLOGIA COMPUTACIONAL I ANALÍTICA DE DADES BIOMÈDIQUES/17254115
INFRAESTRUCTURES PER AL BIG DATA/17254118


Assignatures que es recomana haver cursat prèviament
FONAMENTS DE PROGRAMACIÓ/17254001
BIOLOGIA CEL·LULAR/17254005
QUÍMICA/17254009
BIOQUÍMICA/17254011
ANÀLISI DE DADES I BIOESTADÍSTICA/17254105
(*)La Guia docent és el document on es visualitza la proposta acadèmica de la URV. Aquest document és públic i no es pot modificar, llevat de casos excepcionals revisats per l'òrgan competent/ o degudament revisats d'acord amb la normativa vigent