IDENTIFYING DATA 2019_20
Subject (*) GENE EXPRESSION AND REPLICATION Code 13214102
Study programme
Bachelor's Degree in Biochemistry and Molecular Biology (2009)
Cycle 1st
Descriptors Credits Type Year Period
6 Compulsory Second
Language
Català
Department Biochemistry and Biotechnology
Coordinator
GARCIA VALLVE, SANTIAGO
E-mail santi.garcia-vallve@urv.cat
Lecturers
GARCIA VALLVE, SANTIAGO
Web
General description and relevant information Estudi dels mecanismes i regulació de la replicació de DNA, la transcripció de DNA a RNA i la traducció de mRNA a proteïnes a virus, procariotes i eucariotes.

Competences
Type A Code Competences Specific
 CE2 Describe how living beings function at a basic biochemical, molecular and structural level.
 CE4 Understand organisms at molecular, cellular and metabolic level.
 CE9 Have structural and functional knowledge of the basic components and polymeric structures of molecules in living beings.
Type B Code Competences Transversal
Type C Code Competences Nuclear

Learning outcomes
Type A Code Learning outcomes
 CE2 Conèixer els mecanismes implicats en l'expressió gènica i la seva regulació, tant en eucariotes com procariotes
Descriure com està organitzada la informació en el genoma
Descriure els mecanismes de recombinació i reparació del DNA i els sistemes de modificació-restricció
 CE4 Conèixer els mecanismes implicats en l'expressió gènica i la seva regulació, tant en eucariotes com procariotes
Descriure com està organitzada la informació en el genoma
Descriure els mecanismes de recombinació i reparació del DNA i els sistemes de modificació-restricció
 CE9 Conèixer els mecanismes implicats en l'expressió gènica i la seva regulació, tant en eucariotes com procariotes
Descriure com està organitzada la informació en el genoma
Descriure els mecanismes de recombinació i reparació del DNA i els sistemes de modificació-restricció
Type B Code Learning outcomes
Type C Code Learning outcomes

Contents
Topic Sub-topic
1. Introduction. Review of some concepts. Semiconservative mechanism of replication (Meselson-Stahl experiment). The central dogma of molecular biology.
2. DNA replication. Initiation of replication in bacteria. Multiple origins of replication in eukaryotes and archaea. DNA polymerases and other enzymes involved. Replication mechanism: conductive and delayed chains (Okazaki fragments). Completion of replication. Replication of extra-chromosomal elements (viruses, plasmids and mitochondria).
3. DNA repair. Lesions in the DNA. Types of repair systems: Direct inversion, repair by excision, recombination repair, repair of base missmatchings.
4. DNA transcription. Transcription to prokaryotes: initiation, elongation and termination of transcription. RNA polymerase. Promoter sequences. Completion of transcription. Transcription eukaryotes: type of RNA polymerases, transcription factors and promoters of RNA pol. I, II and III, transcription enhancers, transcription termination.
5. RNA processing and maturation. Post-transcriptional modifications in eukaryotic 5 'capping, splicing. Spliceosome. Alternative splicing. Trans-splicing. RNA editing. mRNA stability. Processing of rRNA and tRNA.


6. Translation of mRNA into protein. Phases of translation: initiation, elongation and termination. The ribosomes. Factors of initiation, elongation and termination. tRNA and aminoacyl-tRNA synthetases. The genetic code. Chaperones and the folding of proteins. Peptide signal and transport of proteins in the endoplasmic reticulum. Post-transductional modifications. Ubiquitin and protein degradation.

7. Regulació de l’expressió gènica. Mechanisms of regulation of transcription. Regulation of the operon lac and operated trp in E. coli. Regulation by cascades of sigma factors. Regulation of gene expression in eukaryotes. Epigenetics Regulation by RNAs (riboswitchs, miRNA, siRNA).

Planning
Methodologies  ::  Tests
  Competences (*) Class hours
Hours outside the classroom
(**) Total hours
Introductory activities
CE2
1 0 1
Lecture
CE2
CE4
CE9
44 40 84
Problem solving, exercises in the classroom
CE2
CE4
CE9
15 27 42
Personal attention
1 0 1
 
Mixed tests
CE2
CE4
CE9
2 20 22
 
(*) On e-learning, hours of virtual attendance of the teacher.
(**) The information in the planning table is for guidance only and does not take into account the heterogeneity of the students.

Methodologies
Methodologies
  Description
Introductory activities Activitats encaminades a prendre contacte i a recollir informació dels alumnes i presentació de l’assignatura.
Lecture Exposició dels continguts de l'assignatura. En català i amb material addicional en anglès.
Problem solving, exercises in the classroom Formulació, anàlisi, resolució i debat d'un problema o exercici, relacionat amb la temàtica de l'assignatura.
Personal attention Resolució de dubtes

Personalized attention
Description
Through Moodle, e-mail or in person.

Assessment
Methodologies Competences Description Weight        
Problem solving, exercises in the classroom
CE2
CE4
CE9
Problem solving at classroom 15%
Mixed tests
CE2
CE4
CE9
Two exams (quizz and short-answered questions) 85
Others  
 
Other comments and second exam session

The second-chance exam will consist of an unique exam (85%). The grades of the classroom exercises will have a weight of 15%.


Sources of information

Basic [edited by] Jocelyn E. Krebs, Elliott S. Goldstein, Stephen T. Kilpatrick, Lewin's Genes XI, 11a o la darrera disponible, Jones & Bartlett Learning, cop. 2014
J.D. Watson, T.A. Baker, A. Gann, M. Levine, R. Losick, Molecular Biology of the gene, 7a o la darrera disponible, Pearson, cop. 2013
B.E. Tropp., Molecular Biology: Genes to Proteins., 4a o la darrera disponible, Jones & Bartlett Learning, cop. 2012
Krebs, E.S. Goldstein and S.T. Kilpatrick, Lewin's genes XII, 12 o la darrera disponible, Jones & Bartlett Learning, cop. 2018
J.D. Watson, T.A. Baker, A. Gann, M. Levine, R. Losick, Biología molecular del gen, 7, Editorial Médica Panamericana

Complementary Jocelyn E. Krebs, Elliott S. Goldstein, Stephen T. Kilpatrick, Lewin's essential genes., , Jones and Bartlett Publishers, cop. 2013

Recommendations


(*)The teaching guide is the document in which the URV publishes the information about all its courses. It is a public document and cannot be modified. Only in exceptional cases can it be revised by the competent agent or duly revised so that it is in line with current legislation.