IDENTIFYING DATA 2019_20
Subject (*) GLYCOBIOLOGY Code 13214215
Study programme
Bachelor's Degree in Biochemistry and Molecular Biology (2009)
Cycle 1st
Descriptors Credits Type Year Period
3 Optional 1Q
Language
Català
Department Analytical Chemistry and Organic Chemistry
Coordinator
MATHEU MALPARTIDA, MARÍA ISABEL
E-mail maribel.matheu@urv.cat
Lecturers
MATHEU MALPARTIDA, MARÍA ISABEL
Web
General description and relevant information Els objectius generals de l’assignatura son els de proporcionar a l'alumne els coneixements bàsics d’ estructura, propietats i funcions de les biomolècules que contenen carbohidrats, així com la descripció de les seves funcions biològiques (incloent el seu paper en determinades malalties) i de les tècniques d’anàlisi emprades per determinar aquestes estructures.

Competences
Type A Code Competences Specific
 CE2 Describe how living beings function at a basic biochemical, molecular and structural level.
 CE9 Have structural and functional knowledge of the basic components and polymeric structures of molecules in living beings.
Type B Code Competences Transversal
Type C Code Competences Nuclear

Learning outcomes
Type A Code Learning outcomes
 CE2 Identifica els mecanismes moleculars dels enzims claus involucrats en la biosíntesi i degradació de carbohidrats
Identifica i classifica correctament els diferents carbohidrats i les famílies de derivats
 CE9 Coneix els fonaments de les principals tècniques instrumentals d’anàlisis de carbohidrats
Entén la literatura científica contemporània sobre diversos aspectes de la glicobiologia (síntesi, estructura, bioquímica i les seves aplicacions)
Reconeix l’aplicabilitat de les tècniques d’anàlisi estructural de carbohidrats i sap decidir quina es la tècnica més adient per a resoldre un problema concret de determinació estructural
Relaciona l’estructura dels carbohidrats amb les interaccions d’aquests amb altres biopolímers
Relaciona l’estructura dels carbohidrats i els seus derivats dins del context de diferents processos cel·lulars i de malaltia
Type B Code Learning outcomes
Type C Code Learning outcomes

Contents
Topic Sub-topic
General principles of glycobiology A field of glycobiology. Glycobiology and biocomplexity. Structure, nomenclature and structural bases of the diversity of carbohydrates. Conformations and basic reactivity of carbohydrates. Glycosides and glycoconjugates. The representation of glycans.
Structure and synthesis of glycoconjugates Types of glycoconjugates. Biosynthesis, enzymes that process glycans. Glycoproteins. Structure, biosynthesis and function of N-glycans and O-glycans. Proteoglycans: structure and function. Glycolipids, GPI anchors and other glycans. The synthesis of glycoconjugates: strategies and methods. Chemical synthesis in solution, solid-phase synthesis, and enzymatic synthesis.
Carbohydrate recognition by lectins Strategies for elucidating the biological functions of glycans. Types of proteins that recognize glycans. Lectins and GAGs. The mechanisms and general principles of recognition. Multivalence in the recognition of glycans. Methods for determining protein-carbohydrate interactions. Applications of the arrays of glycans. Inhibitors of protein (lectin)-carbohydrate interactions.
Strategies for the structural analysis of glycans Methods for detecting and visualizing glycans. Purification and chemical derivatization. Instrumental techniques for the structural analysis of glycans (NMR, mass spectrometry, HPLC). The three-dimensional structure of glycans.
Glycosylation in diseases and physiological processes Glycoconjugates in the quality control of glycoproteins. Quality control and illness. Glycoconjugates in viral and bacterial infections. Genetic diseases associated with glycans. Inhibitors of glycan-processing enzymes. Glycoconjugates and cancer. Glycoconjugates and parasitic diseases. The present and future of glycobiology.

Planning
Methodologies  ::  Tests
  Competences (*) Class hours
Hours outside the classroom
(**) Total hours
Introductory activities
1 0 1
Lecture
CE2
CE9
18 22 40
Problem solving, exercises in the classroom
CE2
CE9
4 8 12
Presentations / oral communications
CE2
CE9
5 13 18
Personal attention
2 0 2
 
Short-answer objective tests
CE2
CE9
2 0 2
 
(*) On e-learning, hours of virtual attendance of the teacher.
(**) The information in the planning table is for guidance only and does not take into account the heterogeneity of the students.

Methodologies
Methodologies
  Description
Introductory activities El primer dia de classe es presentarà l’assignatura, s’explicarà breument el temari i la seva organització, metodologia a seguir, bibliografia més adient i la forma d’avaluació. També s’explicarà a l’alumnat la forma de contactar amb el professor fora de les hores de classe.
Lecture S’explicaran a classe els continguts de l’assignatura.
Problem solving, exercises in the classroom Resolució de problemes i qüestions relacionades amb la teoria per part dels alumnes sota la supervisió del professor, individualment o en grup.
Presentations / oral communications Presentació oral realitzada per l’alumne d’un article científic relacionat amb algun dels contingut de l’assignatura. També inclou la participació obligatòria per part de l’audiència amb preguntes i qüestions.
Personal attention Resolució de dubtes.

Personalized attention
Description
L'alumne podrà contactar amb el professor de l'assignatura en qualsevol moment del curs via correu electrònic, moodle o en el seu despatx per tal de resoldre dubtes referents a l’assignatura. El primer dia de classe es donarà la informació pertinent

Assessment
Methodologies Competences Description Weight        
Problem solving, exercises in the classroom
CE2
CE9
Es resoldran a classe qüestions i problemes pràctics relacionats amb la teoria. Es valorarà la correcta aplicació dels continguts explicats a classe en la resolució de forma correcta i raonada de qüestions i problemes.
10%
Presentations / oral communications
CE2
CE9
Presentació oral realitzada per l’alumne d’un article científic d’aplicació dels contingut de l’assignatura. Es valorarà:
- contingut: nivell, estructuració, cerca d’informació.
- respostes a preguntes formulades.
- correcció gramatical de la presentació
- claredat d’exposició, si es fa de manera interessant i convincent, així com la forma d’expressar-se en públic.
-correcta utilització de l’editor de presentacions (PowerPoint).
També es valorarà la participació obligatòria per part de l’audiència amb preguntes i qüestions.
40%
Short-answer objective tests
CE2
CE9
Es valorarà la correcta aplicació dels continguts explicats a classe en la resolució de forma correcta i raonada de qüestions i problemes. 50%
Others  
 
Other comments and second exam session

A la segona convocatòria es realitzarà un examen que significarà el 50% de la nota final. L'altre 50% correspondrà a la nota obtinguda en la presentació i els exercicis fets a classe de la primera convocatòria

Durant les proves d'avaluació, els telèfons mòbils, tablets i altres aparells que no siguin expressament autoritzats per la prova, han d'estar apagats i fora de la vista.
La realització demostrativament fraudulenta d'alguna activitat avaluativa d'alguna assignatura tant en suport material com virtual i electrònic comporta a l'estudiant la nota de suspens d'aquesta activitat avaluativa. Amb independència d'això, davant la gravetat dels fets, el centre pot proposar la iniciació d'un expedient disciplinari, que serà incoat mitjançant resolució del rector o rectora.


Sources of information

Basic VARKI et al., Essentials of Glycobiology, Cold Harbor Press, darrera disponible,
Taylor, M.E. and Drickamer, K., Introduction to glycobiology, Oxford University Press, United Kingdom, darrera edició disponible,

 

Complementary Kamerling, J. P. (ed.), Comprehensive Glycosience, from chemistry to systems biology, vols. 1-4, Elsevier, Oxford, darrera edició disponible,
Lindhorst, T.K., Essentials of carbohydrate and biochemistry, Wiley-VCH, Weinheim, Germany, darrera edició disponible,
Sansom, C.; Markman, O., Glycobiology, Scion Publ. Ltd., Bloxham, United Kingdom, darrera edicio disponible,
Fraser-Reid, B.O.; Tatsuta, K.; Thiem, J. (eds.), Glycoscience-Chemistry and chemical biology I-III, Springer-Verlag, Berlin, darrera edició disponible,

 

Recommendations


Subjects that it is recommended to have taken before
STRUCTURE AND FUNCTION OF BIOMOLECULES/13214107
ORGANIC CHEMISTRY/13214101
(*)The teaching guide is the document in which the URV publishes the information about all its courses. It is a public document and cannot be modified. Only in exceptional cases can it be revised by the competent agent or duly revised so that it is in line with current legislation.