DADES IDENTIFICATIVES 2020_21
Assignatura (*) ENGINYERIA DE PROTEÏNES Codi 13214217
Ensenyament
Grau de Bioquímica i Biologia Molecular (2009)
Cicle 1r
Descriptors Crèd. Tipus Curs Període
3 Optativa 1Q
Llengua d'impartició
Català
Prerequisits
Departament Bioquímica i Biotecnologia
Coordinador/a
PUJADAS ANGUIANO, GERARD
Adreça electrònica gerard.pujadas@urv.cat
Professors/es
PUJADAS ANGUIANO, GERARD
Web http://moodle.urv.cat
Descripció general i informació rellevant <div><b>En el cas d’emergència sanitària que requereixi confinar la població o que impliqui restriccions de mobilitat durant aquest curs, es procurarà adaptar l'activitat docent i l'avaluació. Si es produeix aquesta situació, s'informarà d'aquestes adaptacions a l’espai Moodle de cada assignatura.</b></div><p> L'assignatura dóna les bases (teòriques i pràctiques) per a entendre quines són les propietats d'una proteïna susceptibles de ser millorades, com fer aquestes millores i predir l'efecte dels canvis realitzats en la seqüència proteica sobre la seva estructura. </p><p><b>En aquesta assignatura, la docència serà mixta (presencial i a distància, simultàniament). Així doncs, es seguirà un model amb horari programat, és a dir, els estudiants es dividiran en dos grups: un grup seguirà la classe a l’aula (presencial) alhora que l’altre grup segueix la classe a distància (online). Els dos grups alternaran els modes presencial i online en dies establerts. En les sessions presencials es tindran en compte les limitacions imposades per la COVID-19. En el cas que la situació sanitària no permeti la realització de les sessions de forma presencial, l’assignatura es realitzarà exclusivament en format on-line.</b></p>

Competències
Tipus A Codi Competències Específiques
 CE8 Analitzar adequadament dades i resultats experimentals propis del camp científic i saber-los interpretar.
 CE9 Tenir un coneixement estructural i funcional de les molècules que formen els éssers vius: components bàsics i estructures polimèriques.
Tipus B Codi Competències Transversals
Tipus C Codi Competències Nuclears

Resultats d'aprenentage
Tipus A Codi Resultats d'aprenentatge
 CE8 Utilitzar diferents bases de dades (e.g., PDB, SCOP, …) per tal d'esbrinar quines són les principals característiques de l'estructura d'una determinada proteïna
Utilitzar programes informàtics per tal d'analitzar l'estructura de les proteïnes
 CE9 Predir informació estructural de proteïnes de les quals sols es coneix la seqüència
Predir quines mutacions puntuals s'haurien de realitzar en la seqüència d'una proteïna per tal de millorar la seva activitat a temperatures elevades o a temperatures baixes. Predir com afectarien aquestes mutacions a l'estructura de la proteïna
Predir quins lligands poden modular l'activitat d'una determinada proteïna després d'unir-s'hi reversiblement
Tipus B Codi Resultats d'aprenentatge
Tipus C Codi Resultats d'aprenentatge

Continguts
Tema Subtema
1. Estructura tridimensional de les proteïnes 1.1. El binomi SPdbV/SwissModel com a eines computacionals en el camp de l'enginyeria de proteïnes

1.2. Proteïnes amb estructura coneguda: anàlisi de la seva estructura 3D
2. Fonaments de l'enginyeria de proteïnes. 2.1. Aplicació de l'enginyeria de proteïnes per tal d'introduir mutacions que millorin la termostabilitat d'un enzim.

2.2. Aplicació de l'enginyeria de proteïnes per tal d'introduir mutacions que adaptin l'activitat d'un enzim a baixes temperatures.
3. Disseny de novo de proteïnes

Planificació
Metodologies  ::  Proves
  Competències (*) Hores a classe
Hores fora de classe
(**) Hores totals
Activitats Introductòries
1 0 1
Pràctiques a través de TIC en aules informàtiques
CE8
CE9
20 25 45
Sessió Magistral
CE9
10 15 25
Atenció personalitzada
2 0 2
 
Proves objectives de preguntes curtes
CE9
2 0 2
 
(*) En el cas de docència no presencial, són les hores de treball amb suport vitual del professor.
(**) Les dades que apareixen a la taula de planificació són de caràcter orientatiu, considerant l’heterogeneïtat de l’alumnat

Metodologies
Metodologies
  Descripció
Activitats Introductòries Presentació de l'assignatura (amb detall de la metodologia docent que s'emprarà i dels criteris d'avaluació)
Pràctiques a través de TIC en aules informàtiques Exercici pràctic on, en grups de tres o quatre alumnes, es realitzarà un exercici pràctic d'anàlisi per mètodes computacionals de l'estructura d'una proteïna i se'ls hi demanarà que, en funció d'aquesta anàlisi, suggereixin quins canvis es podrien realitzar en la seva seqüència per tal de millorar alguna propietat (e.g., termoestabilitat, etc.) respecte a la proteïna nativa.
Sessió Magistral Explicacions teòriques que es realitzaran a l'aula d'informàtica i que aniran seguides d'un exercici pràctic (no avaluable) per part dels alumnes o de la visualització d'un vídeo per tal d'exemplificar les explicacions teòriques
Atenció personalitzada Els alumnes poden consultar els seus dubtes directament al professor anant al seu despatx (el 106) durant les hores de visita (veure web institucional) o també enviant un correu des del moodle.

Atenció personalitzada
Descripció

Temps que cada professor té reservat per atendre i resoldre dubtes als alumnes. A causa de l'emergència sanitària, l'atenció a l'estudiant es podrà realitzar mitjançant reunions en línia, en horaris concertats prèviament per correu electrònic, o mitjançant altres eines virtuals. 


Avaluació
Metodologies Competències Descripció Pes        
Pràctiques a través de TIC en aules informàtiques
CE8
CE9
Exercici pràctic on, en grups de tres o quatre alumnes, es realitzarà un exercici pràctic d'anàlisi per mètodes computacionals de l'estructura d'una proteïna i se'ls hi demanarà que, en funció d'aquesta anàlisi, suggereixin quins canvis es podrien realitzar en la seva seqüència per tal de millorar alguna propietat (e.g., termoestabilitat, etc.) respecte a la proteïna nativa.

Aquestes pràctiques poden proporcionar un màxim de 5/10 en la qualificació final de l'assignatura.
maxim de 5/10
Proves objectives de preguntes curtes
CE9
Una única prova on l'alumne haurà de respondre a tot un seguit de preguntes objectives curtes que demostrin quin és el nivell d'aprofitament individual que ha assolit en l'assignatura.

Aquesta prova objectiva pot proporcionar un màxim de 5/10 en la qualificació final de l'assignatura.
maxim de 5/10
Altres  
 
Altres comentaris i segona convocatòria

Els exàmens seran presencials però, si la situació sanitària ho recomana, es canviaran a modalitat no presencial. En aquest cas, els alumnes tindran un temps fixat pel professor per a entregar cada pregunta. Per exemple, es disposarà d'un temps determinat per a contestar la primera pregunta i penjar-la a la tasca corresponent del moodle (passat aquest temps, no es podrà penjar la resposta a la pregunta). A continuació, i seguint el mateix esquema que per a la primera pregunta, caldrà que contestin a la segona (i així successivament per a la resta de preguntes de l'examen).

En la segona convocatòria sols es realitzarà la part equivalent a les proves objectives de preguntes curtes de la primera convocatòria (amb idèntic pes en la nota final). Això vol dir que la nota obtinguda en la part de "Pràctiques a través de TIC en aules informàtiques" de la primera convocatòria serà vàlida també per a la segona convocatòria.

Durant les proves d'avaluació, els telèfons mòbils, tablets i altres aparells que no siguin expressament autoritzats per la prova, han d'estar apagats i fora de la vista. La realització demostrativament fraudulenta d'alguna activitat avaluativa d'alguna assignatura tant en suport material com virtual i electrònic comporta a l'estudiant la nota de suspens d'aquesta activitat avaluativa. Amb independència d'això, davant la gravetat dels fets, el centre pot proposar la iniciació d'un expedient disciplinari, que serà incoat mitjançant resolució del rector o rectora.


Fonts d'informació

Bàsica Lesk, Arthur M., Introduction to protein science: architecture, function, and genomics, 2nd ed., 2010
Edited by Sheldon J. Park, Jennifer R. Cochran, Protein engineering and design, , 2010
Carlos Gómez-Moreno Calera y Javier Sancho Sanz, Estructura de proteínas, , 2003

Complementària

Recomanacions


Assignatures que es recomana haver cursat prèviament
ESTRUCTURA I FUNCIÓ DE BIOMOLÈCULES/13214107
(*)La Guia docent és el document on es visualitza la proposta acadèmica de la URV. Aquest document és públic i no es pot modificar, llevat de casos excepcionals revisats per l'òrgan competent/ o degudament revisats d'acord amb la normativa vigent