DATOS IDENTIFICATIVOS 2018_19
Asignatura (*) METABOLÓMICA Y TRATAMIENTO DE DATOS Código 13675215
Titulación
Nutrición y Metabolismo (2012)
Ciclo
Descriptores Cr.totales Tipo Curso Periodo
3 Optativa AN
Lengua de impartición
Castellà
Departamento Ingeniería Electrónica, Eléctrica y Automática
Coordinador/a
YANES TORRADO, ÓSCAR
Correo-e oscar.yanes@urv.cat
Profesores/as
YANES TORRADO, ÓSCAR
Web http://moodle.urv.cat/
Descripción general e información relevante La asignatura introducirá al alumno al mundo del tratamiento de datos utilizando herramientas bioinformáticas y estadísticas. Introducción a las ciencias ómicas (genómica, transcriptómica, proteómica y metabolómica) para el estudio de sistemas biológicos. Se utilizará la metabolómica como ejemplo e hilo conductor y como tecnología para la generación masiva de datos. Se harán prácticas con herramientas bioinformáticas con la plataforma R utilizando datos de diferentes experimentos de metabolómica.

Competencias
Tipo A Código Competencias Específicas
  Comun
  Profesionalizador
  Investigador
  AR1 Especialidad "Investigación": Analizar las últimas tendencias en la investigación en nutrición.
  AR3 Especialidad "Investigación": Aplicar el análisis de datos adecuado a los estudios nutricionales.
  AR4 Especialidad "Investigación": Saber establecer hipótesis de trabajo y objetivos.
Tipo B Código Competencias Transversales
  Comun
  BC3 Aplicar el pensamiento crítico, lógico y creativo, demostrando capacidad de innovación.
  BC4 Trabajar de forma autónoma con responsabilidad e iniciativa
  BC5 Trabajar en equipo de forma colaborativa y responsabilidad compartida
  BC6 Comunicar información, ideas, problemas y soluciones de manera clara y efectiva en público o ámbitos técnicos concretos
Tipo C Código Competencias Nucleares
  Comun

Objetivos de aprendizaje
Objetivos Competencias
Aplicar métodos estadísticos adecuados al estudio nutricional. AR1
AR3
AR4
BC3
BC4
BC5
BC6

Contenidos
tema Subtema
1. Introducción 1.1-Desarrollo de la asignatura

1.2-Desarrollo de les prácticas
2. Estadística básica 2.1. Conceptos básicos

2.2. Confirmación de hipótesis

2.3. Análisis de varianza

2.4. Diferentes tipos de test

2.5. Tablas de contingencia
3. Ciencias ómicas 3.1 Genómica

3.2 Transcriptómica

3.3 Proteómica

3.4 Metabolómica

3.5 Biología de sistemas
4. Metabolómica 4.1 Introducción a la resonancia magnética nuclear y la espectrometría de masas

4.2 Diseño experimental

4.3. Procesamiento de datos reales: detección de picos, alineamiento y tratamiento estadístico (métodos multivariantes y univariantes)
4.4. Bases de datos e identificación de metabolitos
5. Metabolómica aplicada 5.1 Diferenciación de células madre

5.2 Dolor neuropático

5.3 Diabetes y obesidad

Planificación
Metodologías  ::  Pruebas
  Competencias (*) Horas en clase Horas fuera de clase (**) Horas totales
Actividades introductorias
1 1 2
 
Sesión magistral
20 20 40
Trabajos
2 8 10
Practicas a través de TIC en aulas informáticas
0 0 0
Presentaciones/exposiciones
2 8 10
 
Atención personalizada
0 0 0
 
Pruebas de desarrollo
2 10 12
 
(*) En el caso de docencia no presencial, serán las horas de trabajo con soporte virtual del profesor.
(**) Los datos que aparecen en la tabla de planificación son de carácter orientativo, considerando la heterogeneidad de los alumnos

Metodologías
Metodologías
  descripción
Actividades introductorias Presentación de la asignatura: objetivos, metodología docente y evaluación.
Sesión magistral Consistirá en sesiones de 50 + 50 minutos (con descanso entre medio) donde el profesor expondrá la materia. Lejos de ser clases meramente explicativas, se pretende generar con el material un debate abierto y animado sobre cada tema.
Trabajos
Practicas a través de TIC en aulas informáticas Los alumnos asistirán al laboratorio donde se les propondrán ejercicios de estadística y diseño experimental con la plataforma de cálculo R. También se les introducirá en la comprensión de artículos científicos de metabolómica y su discusión.
Presentaciones/exposiciones
Atención personalizada

Atención personalizada
 
Atención personalizada
Actividades introductorias
Sesión magistral
Presentaciones/exposiciones
descripción
Serà de desenvolupament. En l’examen s’avaluarà la comprensió de la teoria i tindrà una part pràctica on els estudiants hauran de resoldre per escrit un cas real d’experiment metabolomic

Evaluación
  descripción Peso
Trabajos En grupo (3 personas): escoger un artículo científico que el profesor ofrecerá y desarrollarlo (25%)

Individual: programación con R para el procesamiento de datos metabolómicos (25%)

50%
Presentaciones/exposiciones
Pruebas de desarrollo Será de desarrollo. En el examen se evaluará la comprensión de teoría y tendría una parte práctica donde los estudiantes habrán de resolver por escrito un caso real de experimento metabolómico. 50%
 
Otros comentarios y segunda convocatoria

La asignatura tiene una única convocatoria.

Durante las pruebas de evaluación, los teléfonos móviles, tablets y otros aparatos que no sean expresamente autorizados para la prueba, deberán estar apagados y guardados. La realización de una acción fraudulenta en alguna actividad evaluadora de una asignatura tanto por soporte material como virtual y electrónico comportará al estudiante el suspenso de esta actividad evaluadora. Con independencia de esto, teniendo en cuenta la gravedad de los hechos, el centro podrá proponer la iniciación de un expediente disciplinario que será incoado mediante la resolución del rector o rectora.


Fuentes de información

Básica
  • Gary J. Patti, Oscar Yanes & Gary Siuzdak, Metabolomics: the apogee of the omics trilogy, Nature Reviews Molecular Cell Biology 13, 263-269.
  • Yates JR, Park SK, Delahunty CM, Xu T, Savas JN, Cociorva D, Carvalho PC, Toward objective evaluation of proteomic algorithms, Nat Methods, 2012 Apr 27;9(5):455-6.
  • Schellenberger J, Que R, Fleming RM, Thiele I, Orth JD, Feist AM, Zielinski DC, Bordbar A, Lewis NE,, Quantitative prediction of cellular metabolism with constraint-based models: the COBRA Toolbox v2.0., Nat Protoc., 2011 Aug 4;6(9):1290-307
  • Oberhardt MA, Palsson BØ, Papin JA, Applications of genome-scale metabolic reconstructions, Mol Syst Biol, 2009;5:320
Complementaria

Recomendaciones


(*)La Guía docente es el documento donde se visualiza la propuesta académica de la URV. Este documento es público y no es modificable, excepto en casos excepcionales revisados por el órgano competente o debidamente revisado de acuerdo la normativa vigente.