|
Tipus A
|
Codi |
Competències Específiques | | | A7 |
Saber buscar, obtenir, analitzar i interpretar la informació de les principals bases de dades biològiques: genòmiques, transcriptòmiques, proteòmiques, metabolòmiques, taxonòmiques i altres, així com de dades bibliogràfiques, i usar les eines bioinformàtiques bàsiques |
|
Tipus B
|
Codi |
Competències Transversals | | | CT1 |
Utilitzar informació en llengua estrangera d’una manera eficaç. |
| | CT2 |
Gestionar la informació i el coneixement mitjançant l’ús eficient de les TIC |
|
Tipus C
|
Codi |
Competències Nuclears |
|
Tipus A
|
Codi |
Resultats d'aprenentatge |
| | A7 |
Utilitzar les eines bioinformàtiques per a: a) analitzar estructures i seqüències de proteïnes i àcids nucleics, i b) cercar informació en les principals bases de dades biològiques i bibliogràfiques
|
|
Tipus B
|
Codi |
Resultats d'aprenentatge |
| | CT1 |
Utilitzar informació en llengua estrangera d’una manera eficaç.
| | | CT2 |
Dominar les eines per gestionar la pròpia identitat i les activitats en un entorn digital. (Ser digital)
Cercar i obtenir informació de manera autònoma amb criteris de fiabilitat i pertinença. (Cercar)
Organitzar la informació amb les eines adients (en línia i presencials) que li permetin desenvolupar les seves activitats acadèmiques. (Organitzar)
Elaborar informació amb les eines i formats adients a la situació comunicativa, i fer-ho de manera honesta. (Crear)
Utilitzar les TIC per compartir i intercanviar informació. (Compartir)
|
|
Tipus C
|
Codi |
Resultats d'aprenentatge |
| Tema |
Subtema |
| 1) Introducció |
Definició i àmbit d’estudi
Portals de bioinformàtica (EBI-EMBL, NCBI, Expasy) |
| 2) Bases de dades bioinformàtiques |
Bases de dades bibliogràfiques (PubMed, ISI Web of Knowledge), bases de dades de seqüències (UniProt, GenBank). Altres bases de dades. |
| 3) Introducció al sistema operatiu LINUX i al llenguatge de programació Python |
Introducció al sistema operatiu LINUX. Instal.lació de paquets. Tasques senzilles per terminal. Introducció al llenguatge de programació Python. |
| 4) Cerca i anàlisi de seqüències |
Concepte d’homologia. Alineaments de parells de seqüències (algoritmes de Needelman-Wunsch i Smith-Waterman). Dotplots. Matrius de substitució (PAM, Blosum). Cerca de seqüències semblants (BLAST). |
| 5) Alineaments múltiples i construcció d’arbres filogenètics |
Programes d’alineament múltiple de seqüències (Clustal). Bases de dades derivades de multialineaments (PROSITE). Mètodes de reconstrucció filogenètica. Visualització d’arbres filogenètics. |
| Metodologies :: Proves |
| |
Competències |
(*) Hores a classe
|
Hores fora de classe
|
(**) Hores totals |
| Activitats Introductòries |
|
2 |
1 |
3 |
| Sessió Magistral |
|
28 |
21 |
49 |
| Pràctiques a través de TIC |
|
20 |
30 |
50 |
| Treballs |
|
3 |
10 |
13 |
| Treballs col·laboratius. |
|
3 |
10 |
13 |
| Atenció personalitzada |
|
4 |
0 |
4 |
| |
| Proves pràctiques |
|
2 |
16 |
18 |
| |
(*) En el cas de docència no presencial, són les hores de treball amb suport vitual del professor.
(**) Les dades que apareixen a la taula de planificació són de caràcter orientatiu, considerant l’heterogeneïtat de l’alumnat |
Metodologies
| |
Descripció |
| Activitats Introductòries |
S'introduirà l'assignatura i s'explicitaran els objectius. |
| Sessió Magistral |
Classe magistral. S'estimularà la participació dels alumnes, fent preguntes durant la classe relacionades amb el que s'està explicant i que els obligui a pensar i a reflexionar. |
| Pràctiques a través de TIC |
Pràctiques en l'aula d'informàtica. Es realitzaran exercicis emprant bases de dades i servidors d'internet. |
| Treballs |
Cerca bibliogràfica d'un tema |
| Treballs col·laboratius. |
Treball en grup |
| Atenció personalitzada |
Resolució de dubtes de forma presencial o no presencial. |
|
Descripció |
|
Temps que cada
professor té reservat per atendre i resoldre dubtes als alumnes. A causa
de l’emergència sanitària, l’atenció a l’estudiant es podrà realitzar
mitjançant reunions on line, en horaris concertats prèviament
per correu electrònic, o mitjançant altres eines virtuals (fòrum del Moodle, Microsoft Teams, ...) |
|
Metodologies |
Competències
|
Descripció |
Pes |
|
|
|
|
| Pràctiques a través de TIC |
|
Resolució de forma individual d'un qüestionari per cada tema. |
10% |
| Treballs |
|
Cerca bibliogràfica |
20% |
| Treballs col·laboratius. |
|
Treball en grup - Python |
20% |
| Proves pràctiques |
|
Examen teòric-pràctic |
50% |
| Altres |
|
|
|
| |
|
Altres comentaris i segona convocatòria |
|
Segona convocatòria: És requisit imprescindible presentar els treballs per aprovar l'assignatura. Caldrà treure un mínim de 4.0 en l'examen (tant en primera com en segona convocatòria) perquè compti la nota de l'avaluació dels qüestionaris. L'avaluació de la segona convocatòria consistirà en un examen, mantenint la nota dels qüestionaris, cerca bibliogràfica i treball python amb els mateixos pesos que en la 1a convocatòria. No es guarden notes de les activitats/exàmens de cursos anteriors. Els exàmens es realitzaran de forma presencial. A causa de l'emergència sanitària, en cas de confinament o de restriccions en la mobilitat, les activitats avaluatives, inclosos els exàmens, es farien online en les dates previstes. En l'espai Moodle de cada assignatura hi podreu consultar la informació actualitzada. |
| Bàsica |
Gibas, Cynthia; Jambeck, Per, Developing bioinformatics computer skills, Beijing: O'Reilly, 2001
Claverie, Jean-Michel; Notredame, Cedric, Bioinformatics for dummies, New York: Wiley Pub., cop., 2007
Attwood, Teresa K.; Parry-Smith, David J., Introducción a la bioinformática, Madrid: Prentice Hall, DL, 2002
Lesk, Arthur M., Introduction to bioinformatics, Oxford: Oxford University Press, 2008
Solé-Llussà A; Casanoves M; Salvadó Z; Garcia-Vallve S; Valls C; Novo M, Annapurna expedition game: applying molecular biology tools to learn genetics., , J Bio Educ. 2019 53(5):516-523. doi:10.1080/002192
|
|
| Complementària |
|
Garcia-Vallve S & Puigbo P. Ciento cincuenta años tras el árbol de la vida. Nuevos retos sobre el origen de las especies. Revista de la SEBBM. Junio 2009. Num. 160:18-21 |
(*)La Guia docent és el document on es visualitza la proposta acadèmica de la URV. Aquest document és públic i no es pot modificar, llevat de casos excepcionals revisats per l'òrgan competent/ o degudament revisats d'acord amb la normativa vigent |
|