| Codi |
|
| A1 |
Aplicar coneixements de càlcul numèric, mètodes numèrics, informàtica i bioestadística. |
| A13 |
Tenir capacitat d'analitzar dades (resultats, fer tractament estadístics) propis del camp científic. |
| A21 |
Utilitzar com a usuari avançat les bases de dades de genòmica, proteòmica, transcriptòmica, metabolòmica i de productes biotecnològics. |
| B4 |
Resoldre problemes de forma efectiva. |
| C2 |
Utilitzar com a usuari les eines bàsiques en TIC. |
| Objectius |
Competències |
| Aprendre a utilitzar el llenguatge de programació PERL (Practical Extraction and Report Language) per resoldre problemes bioquímics i biotecnològics |
A1
|
B4
|
|
| Conèixer l'existència i el contingut de les principals bases de dades d'informació bioquímica/biotecnològica |
A21
|
|
C2
|
| Comprendre els fonaments dels algoritmes més emprats en la comparació de seqüències (tant d'àcids nucleics com de proteïnes) |
A1
A13
A21
|
|
C2
|
| Utilitzar eines bioinformàtiques per a predir: (a) l'estructura d'un complex proteïna-lligand a partir de les estructures de les molècules individuals; (b) l'estructura tridimensional d'una proteïna de la que no es coneix l'estructura experimental; i (c) l'activitat de determinats lligands en funció de la seva estructura química. |
A1
|
B4
|
C2
|
| Tema |
Subtema |
| 1) Introducció |
Definició i àmbit d’estudi
Portals de bioinformàtica (EBI-EMBL, NCBI, Expasy) |
| 2) PERL |
Un llenguatge informàtic pràctic per a l’extracció d’informació i presentació de resultats: PERL (Practical Extraction and Report Language). |
| 3) Bases de dades |
Bases de dades de seqüències (Swiss-Prot, GenBank)
Bases de dades estructurals (PDB, CATH)
Bases de dades del NAR
Introducció al SRS (Sequence Retrieval System) |
| 4) Cerca i anàlisi de seqüències |
Seqüències semblants (homòlogues i no homòlogues)
Matrius de substitució (PAM, Blosum, etc.)
Formats de seqüències més emprats (FASTA)
Alineaments de parells de seqüències (Needelman-Wunsch, Smith-Waterman, Dot-matrix)
Cerca de seqüències semblants (BLAST, FASTA, PSI-BLAST)
Exemples d’us de BLAST, FASTA, PSI-BLAST |
| 5) Alineaments múltiples i construcció d’arbres filogenètics |
Alineament múltiple de seqüències (Clustal, T-Coffee)
Bases de dades derivades de multialineaments (PROSITE, PFAM)
Mètodes reconstrucció filogenètica: (a) parsimònia; (b) distància; (c) màxima versemblança)
Robustesa d’un arbre filogenètic (bootstrap) |
| 6) Estructura i funció de proteïnes |
Modelat per homologia (MODELLER, Swiss-Model)
Docking proteïna-lligand (eHiTS) |
| 7) Relació estructura-activitat de lligands |
Definició de farmacòfor
Construcció de farmacòfors amb Catalyst
Cerca de bases de dades emprant farmacòfors |
| Metodologies :: Proves |
| |
Competències |
(*) Hores a classe |
Hores fora de classe |
(**) Hores totals |
| Activitats Introductòries |
|
2 |
2 |
4 |
| |
| Sessió Magistral |
|
28 |
28 |
56 |
| Pràctiques a través de TIC en aules informàtiques |
|
30 |
30 |
60 |
| Resolució de problemes, exercicis |
|
0 |
10 |
10 |
| |
| Atenció personalitzada |
|
0 |
4 |
4 |
| |
| Proves mixtes |
|
2 |
15 |
17 |
| |
(*) En el cas de docència no presencial, són les hores de treball amb suport vitual del professor.
(**) Les dades que apareixen a la taula de planificació són de caràcter orientatiu, considerant l’heterogeneïtat de l’alumnat |
Metodologies
| |
Descripció |
| Activitats Introductòries |
S'introduirà l'assignatura i s'explicitaran els objectius |
| Sessió Magistral |
Classe magistral. S'estimularà la participació dels alumnes, fent-lis preguntes durant la classe relacionades amb el que s'està explicant i que els obligui a pensar i a reflexionar. |
| Pràctiques a través de TIC en aules informàtiques |
Pràctiques en l'aula d'informàtica de docència de la Facultat d'Enologia. També es realitzaran exercicis emprant bases de dades i servidors d'internet. |
| Resolució de problemes, exercicis |
Resolució de qüestionaris i exercicis |
|
|
|
Descripció |
| Mitjançant correu electrònic santi.garcia-vallve@urv.cat o visita als despatxos dels professors: Santi Garcia-Vallvé (107) |
|
| |
Descripció |
Pes |
| Pràctiques a través de TIC en aules informàtiques |
Resolució d'un qüestionari per cada tema |
10 % |
| Resolució de problemes, exercicis |
Elaboració d'un script en PERL |
20 % |
| Proves mixtes |
Examen on es demanarà als alumnes que responguin a preguntes curtes relacionades amb la part teòrica de l'assignatura. |
70 % |
| |
|
Altres comentaris i segona convocatòria |
|
L'avaluació de la segona convocatòria consistirà en un examen i l'avaluació dels qüestionaris i exercicis. |
| Bàsica |
Dwyer, Rex A., Genomic perl: from bioinformatics basics to working code, Cambridge: Cambridge University Press, 2003
Lesk, Arthur M., Introduction to bioinformatics, Oxford: Oxford University Press, 2005
Moorhouse, Michael; Barry, Paul, Bioinformatics, biocomputing and Perl: an introduction to bioinformatics computing skills and practice, Chichester, England: John Wiley & Sons, cop., 2004
Attwood, Teresa K.; Parry-Smith, David J., Introducción a la bioinformática, Madrid: Prentice Hall, DL, 2002
Claverie, Jean-Michel; Notredame, Cedric, Bioinformatics for dummies, New York: Wiley Pub., cop., 2003
Tisdall, James D., Beginning Perl for bioinformatics, Beijing: O'Reilly, 2001
Gibas, Cynthia; Jambeck, Per, Developing bioinformatics computer skills, Beijing: O'Reilly, 2001
Baxevanis, Andreas D.; Ouellette, B.F. Francis, Bioinformatics : a practical guide to the analysis of genes and proteins, New York: Wiley-Interscience, cop., 2001
|
|
| Complementària |
|
|
| Assignatures que es recomana haver cursat prèviament |
| INFORMÀTICA/19051003 | | GENÈTICA MOLECULAR/19051019 | | QUÍMICA I ENGINYERIA DE PROTEÏNES/19052029 |
|
(*)La Guia docent és el document on es visualitza la proposta acadèmica de la URV. Aquest document és públic i no es pot modificar, llevat de casos excepcionals revisats per l'òrgan competent/ o degudament revisats d'acord amb la normativa vigent |
|