| Continguts |
| Tema | Subtema |
| 1) Introducció | Definició i àmbit d’estudi Portals de bioinformàtica (EBI-EMBL, NCBI, Expasy) |
| 2) PERL | Un llenguatge informàtic pràctic per a l’extracció d’informació i presentació de resultats: PERL (Practical Extraction and Report Language). |
| 3) Bases de dades | Bases de dades de seqüències (Swiss-Prot, GenBank) Bases de dades estructurals (PDB, CATH) Bases de dades del NAR Introducció al SRS (Sequence Retrieval System) |
| 4) Cerca i anàlisi de seqüències | Seqüències semblants (homòlogues i no homòlogues) Matrius de substitució (PAM, Blosum, etc.) Formats de seqüències més emprats (FASTA) Alineaments de parells de seqüències (Needelman-Wunsch, Smith-Waterman, Dot-matrix) Cerca de seqüències semblants (BLAST, FASTA, PSI-BLAST) Exemples d’us de BLAST, FASTA, PSI-BLAST |
| 5) Alineaments múltiples i construcció d’arbres filogenètics | Alineament múltiple de seqüències (Clustal, T-Coffee) Bases de dades derivades de multialineaments (PROSITE, PFAM) Mètodes reconstrucció filogenètica: (a) parsimònia; (b) distància; (c) màxima versemblança) Robustesa d’un arbre filogenètic (bootstrap) |
| Atenció personalitzada |
| Descripció |
| Cal que els alumnes contactin amb el professor per establir el calendari de les tutories. |
| Avaluació |
| Altres comentaris i segona convocatòria |
|
L'avaluació de l'assignatura (tant en primera com en segona convocatòria) consistirà en l'avaluació d'un script en Perl proposat pel professor (30% de la nota final) i la nota de l'examen (70% de la nota final). |
| Fonts d'informació |
| Bàsica |
Dwyer, Rex A., Genomic perl: from bioinformatics basics to working code, Cambridge: Cambridge University Press, 2003
Lesk, Arthur M., Introduction to bioinformatics, Oxford: Oxford University Press, 2005
Moorhouse, Michael; Barry, Paul, Bioinformatics, biocomputing and Perl: an introduction to bioinformatics computing skills and practice, Chichester, England: John Wiley & Sons, cop., 2004
Attwood, Teresa K.; Parry-Smith, David J., Introducción a la bioinformática, Madrid: Prentice Hall, DL, 2002
Claverie, Jean-Michel; Notredame, Cedric, Bioinformatics for dummies, New York: Wiley Pub., cop., 2003
Tisdall, James D., Beginning Perl for bioinformatics, Beijing: O'Reilly, 2001
Gibas, Cynthia; Jambeck, Per, Developing bioinformatics computer skills, Beijing: O'Reilly, 2001
Baxevanis, Andreas D.; Ouellette, B.F. Francis, Bioinformatics : a practical guide to the analysis of genes and proteins, New York: Wiley-Interscience, cop., 2001 |
||||||||
| Complementària | |||||||||
(*)La Guia docent és el document on es visualitza la proposta acadèmica de la URV. Aquest document és públic i no es pot modificar, llevat de casos excepcionals revisats per l'òrgan competent/ o degudament revisats d'acord amb la normativa vigent |
|||||||||