Tema |
Subtema |
1) Introducció |
Definició i àmbit d’estudi
Portals de bioinformàtica (EBI-EMBL, NCBI, Expasy) |
2) PERL |
Un llenguatge informàtic pràctic per a l’extracció d’informació i presentació de resultats: PERL (Practical Extraction and Report Language). |
3) Bases de dades |
Bases de dades de seqüències (Swiss-Prot, GenBank)
Bases de dades estructurals (PDB, CATH)
Bases de dades del NAR
Introducció al SRS (Sequence Retrieval System) |
4) Cerca i anàlisi de seqüències |
Seqüències semblants (homòlogues i no homòlogues)
Matrius de substitució (PAM, Blosum, etc.)
Formats de seqüències més emprats (FASTA)
Alineaments de parells de seqüències (Needelman-Wunsch, Smith-Waterman, Dot-matrix)
Cerca de seqüències semblants (BLAST, FASTA, PSI-BLAST)
Exemples d’us de BLAST, FASTA, PSI-BLAST |
5) Alineaments múltiples i construcció d’arbres filogenètics |
Alineament múltiple de seqüències (Clustal, T-Coffee)
Bases de dades derivades de multialineaments (PROSITE, PFAM)
Mètodes reconstrucció filogenètica: (a) parsimònia; (b) distància; (c) màxima versemblança)
Robustesa d’un arbre filogenètic (bootstrap) |
|
Altres comentaris i segona convocatòria |
|
Bàsica |
Dwyer, Rex A., Genomic perl: from bioinformatics basics to working code, Cambridge: Cambridge University Press, 2003
Lesk, Arthur M., Introduction to bioinformatics, Oxford: Oxford University Press, 2005
Moorhouse, Michael; Barry, Paul, Bioinformatics, biocomputing and Perl: an introduction to bioinformatics computing skills and practice, Chichester, England: John Wiley & Sons, cop., 2004
Attwood, Teresa K.; Parry-Smith, David J., Introducción a la bioinformática, Madrid: Prentice Hall, DL, 2002
Claverie, Jean-Michel; Notredame, Cedric, Bioinformatics for dummies, New York: Wiley Pub., cop., 2003
Tisdall, James D., Beginning Perl for bioinformatics, Beijing: O'Reilly, 2001
Gibas, Cynthia; Jambeck, Per, Developing bioinformatics computer skills, Beijing: O'Reilly, 2001
Baxevanis, Andreas D.; Ouellette, B.F. Francis, Bioinformatics : a practical guide to the analysis of genes and proteins, New York: Wiley-Interscience, cop., 2001
|
|
Complementària |
|
|
(*)La Guia docent és el document on es visualitza la proposta acadèmica de la URV. Aquest document és públic i no es pot modificar, llevat de casos excepcionals revisats per l'òrgan competent/ o degudament revisats d'acord amb la normativa vigent |
|