| Codi |
|
| A1 |
Aplicar coneixements de càlcul numèric, mètodes numèrics, informàtica i bioestadística. |
| A3 |
Utilitzar adequadament les bases de la química general i química orgànica: estructura atòmica i molecular, grups funcionals, reaccions químiques i síntesi química. |
| A5 |
Conéixer l'estructura i funcionament dels diversos sistemes biològics, als diferents nivells: molecular, cel.lular, metabòlic, fisiològic, d'organisme i d'ecosistema. |
| A10 |
Apreciar la variabilitat i complexitat inherents als sistemes biològics. |
| B1 |
Aprendre a aprendre. |
| B2 |
Capacitat d'anàlisi i de síntesi. |
| B3 |
Aplicar el pensament crític, lògic i creatiu. |
| B4 |
Resoldre problemes de forma efectiva. |
| B7 |
Tenir solvència en la cerca i ús d'informació bibliogràfica específica. |
| C1 |
Dominar la comprensió d'anglès escrit i oral i tenir-ne un nivell mínim d'expressió. |
| C2 |
Utilitzar com a usuari les eines bàsiques en TIC. |
| Objectius |
Competències |
| Conèixer les característiques estructurals de les macromolècules biològiques i la seva relació estructura-funció. |
A1
A3
A5
A10
|
|
C1
C2
|
| Conèixer com obtenir informació estructural d'una macromolècula biològica amb eines computacionals. |
A1
A5
|
B1
B2
B3
B4
B7
|
C1
C2
|
| Avaluar críticament l'estructura d'una macromolècula biològica (prenent consciència de la diferència entre un model i la realitat). |
|
B1
B2
B3
B4
|
C1
C2
|
| Tema |
Subtema |
| 1. |
Panoràmica general de l’assignatura. |
| 2. |
Interaccions no covalents. |
| 3. |
Estructura covalent de les proteïnes. |
| 4. |
Mètodes d’anàlisi estructural. |
| 5. |
Estructura secundària de les proteïnes. |
| 6. |
Estructures supersecundàries. |
| 7. |
Estructura terciària de les proteïnes globulars. |
| 8. |
Estructura quaternària de les proteïnes. |
| 9. |
Proteïnes estructurals. |
| 10. |
Plegament de proteïnes. |
| 11. |
Introducció a l’enginyeria i el disseny de proteïnes. |
| 12. |
Components estructurals dels àcids nucleics. |
| 13. |
Estructura secundària del DNA. |
| 14. |
DNA superenrotllat. |
| 15. |
Empaquetament del DNA en la cèl•lula. |
| 16. |
Estructura secundària i terciària del RNA. |
| 17. |
Bases estructurals del reconeixement específic DNA-proteïna. |
| 18. |
Estructura de macromolècules i patologies. |
| Metodologies :: Proves |
| |
Competències |
(*) Hores a classe |
Hores fora de classe |
(**) Hores totals |
| Activitats Introductòries |
|
1 |
0 |
1 |
| |
| Sessió Magistral |
|
49 |
61.25 |
110.25 |
| Metodologies integrades |
|
10 |
0 |
10 |
| Pràctiques a través de TIC en aules informàtiques |
|
20 |
0 |
20 |
| Fòrums de discussió |
|
2 |
2 |
4 |
| Treballs |
|
0 |
35 |
35 |
| |
| Atenció personalitzada |
|
3 |
0 |
3 |
| |
| Proves pràctiques |
|
0 |
1 |
1 |
| Proves objectives de preguntes curtes |
|
0 |
2 |
2 |
| |
(*) En el cas de docència no presencial, són les hores de treball amb suport vitual del professor.
(**) Les dades que apareixen a la taula de planificació són de caràcter orientatiu, considerant l’heterogeneïtat de l’alumnat |
Metodologies
| |
Descripció |
| Activitats Introductòries |
La introducció de l’assignatura es realitzarà durant la primera hora de classe i consistirà en una presentació del seu temari, la seva contextualització en la llicenciatura en bioquímica (indicant aquelles assignatures amb la que està més relacionada) i presentant la metodologia que s’utilitzarà per a la seva docència (web de l’assignatura, llista de discussió, etc.). |
| Sessió Magistral |
Exposició dels continguts de l'assignatura. |
| Metodologies integrades |
Es tracta d’una assignatura amb un enfoc molt pràctic. Per tal d’assolir això, les pràctiques s’han dissenyat de forma que complementin la teoria proporcionada a classe i facilitin l'adquisició de les habilitats indispensables per a l'anàlisi estructural de macromolècules biològiques així com la comprensió de la correlació entre la seva estructura i la funció que realitzen. També es pretén familiaritzar l’alumne amb la lectura d'articles científics com a font directa de coneixement. Finalment, la pàgina Web de l'assignatura s’utilitza com un portal d'accés a recursos (bàsicament programes informàtics i servidors d'internet) que, o bé són bàsics per poder realitzar les pràctiques, o bé complementen la informació teòrica explicada a classe. |
| Pràctiques a través de TIC en aules informàtiques |
Les pràctiques s'han dissenyat de forma que complementin la teoria proporcionada a classe i facilitin l'adquisició de les habilitats indispensables per a l'anàlisi estructural de macromolècules biològiques i la comprensió de la correlació entre la seva estructura i la funció. |
| Fòrums de discussió |
La llista de discussió actua com a fòrum de discussió de l'assignatura. |
| Treballs |
Com a treball, es proposa que l'alumne realitzi una anàlisi estructural el més completa possible d'una proteïna de la qual inicialment tan sols coneixerà la seqüència. Serà, doncs, feina seva identificar de quina proteïna es tracta, quina és la seva funció, si es coneix o no la seva estructura, identificar els seus dominis, etc. |
| |
| Sessió Magistral |
| Metodologies integrades |
| Pràctiques a través de TIC en aules informàtiques |
| Fòrums de discussió |
| Treballs |
|
|
Descripció |
| L’alumne pot enviar un correu amb els seus dubtes a l’adreça de correu electrònic macromolecules@estudiants.urv.cat. La seva pregunta es distribueix entre tots els alumnes de l’assignatura i també arriba al professor (que són els membres de la llista de discussió). Qualsevol membre d’aquesta llista pot respondre a la pregunta de forma que la resposta també arriba a la resta de membres. A més, tant les preguntes com les seves respostes queden registrades en una web http://estudiants.urv.es/llistes/macromolecules@estudiants.urv.es i es va generant una espècie de FAQ (Frequent asked questions) que és de gran utilitat pels alumnes.
Els alumnes també poden consultar els seus dubtes directament al professor anant al seu despatx (el 106) durant les hores de visita (veure quines són en la web de l’assignatura). |
|
| |
Descripció |
Pes |
| Treballs |
Treball realitzat a les pràctiques en el qual l’alumne analitza computacionalment l’estructura d’una proteïna, respon a tota una sèrie de preguntes i entrega un informe amb les respostes a aquestes preguntes (treball realitzat en grup; s’entrega un informe per grup i la seva nota és vàlida per a tots els membres del grup). |
25% de la nota final (l’aportació màxima a la nota final del treball de pràctiques és de 2,5 sobre 10). |
| Proves pràctiques |
Examen escrit que es realitza el mateix dia que l’examen de teoria de la convocatòria de gener i que consisteix en respondre a tota una sèrie de preguntes curtes sobre les pràctiques. |
15% de la nota final (l’aportació màxima a la nota final de l’examen de pràctiques és de 1,5 sobre 10). |
| Proves objectives de preguntes curtes |
L’avaluació consistirà en un examen escrit que consistirà en respondre a preguntes curtes i que es realitzarà el dia marcat per la Guia Docent. |
60% de la nota final (nota màxima de teoria: 6 sobre 10). |
| |
|
Altres comentaris i segona convocatòria |
|
|
| Bàsica |
Gómez-Moreno Calera, C., and Sancho Sanz, J., Estructura de proteínas, Ariel ciencia. Ariel, Barcelona, 2003
Lesk, A.M., Introduction to protein architecture: the structural biology of proteins, Oxford University Press, cop., Oxford, UK, 2001
Lesk, A.M., Introduction to protein science, Oxford University Press, cop., Oxford, UK, 2004
Lesk, A.M., Introduction to Bioinformatics, (second edition). Oxford University Press, cop., Oxford, UK, 2005
Neidle, S., Nucleic Acid Structure and Recognition, Oxford University Press, cop., Oxford, 2002
Petsko, G., and Ringe, D., Protein Structure and Function, New Science Press Ltd., London (UK), 2003
Rhodes, G., Crystallography made crystal clear : a guide for users of macromolecular models, Academic Press, cop., San Diego, 2000
|
|
| Complementària |
Brändén, C., and Tooze, J., Introduction to Protein Structure, Garland, cop., New York, 1999
Cornudella, L., Dinàmica Estructural de macromolècules. Treballs de la Societat Catalana de Biologia, Societat Catalana de Biologia, Barcelona, 1998
Creighton, T.E., Proteins: structures and molecular properties, W. H. Freeman, New York, 1993
Neidle, S., Oxford handbook of nucleic acid structure, Oxford University Press, cop., Oxford, 1999
Saenger, W., Principles of nucleic acid structure, Springer, New York, 1984
, Articles científics en format PDF disponibles des de la web de l’assignatura, ,
|
|
| |
| Altres comentaris |
|
Aquesta assignatura es realitza conjuntament amb els alumnes d'Estructura de macromolècules (Llicenciatura en Bioquímica) i, per tant, les classes començaran el 12 de setembre. |
|