DADES IDENTIFICATIVES 2012_13
Assignatura (*) MODELITZACIÓ DE MOLÈCULES I BIOMOLÈCULES Codi 19052223
Ensenyament
Biotecnologia (2005)
 Cicle 2n
Descriptors Crèd. Crèd. teoria Crèd. pràctics Tipus Curs Període
4.5 3 1.5 Optativa Primer
Llengua d'impartició
Català
Departament Química Física i Inorgànica
Coordinador/a
CARBÓ MARTIN, JORGE JUAN
 Adreça electrònica j.carbo@urv.cat
Professors/es
CARBÓ MARTIN, JORGE JUAN
Web
Descripció general i informació rellevant Introduir a l’alumne en l’ús de tecnologies computacionals i de modelització molecular, així com la seva aplicació a la resolució de problemes bioquímics i al disseny de noves biomolècules. El plantejament de l’assignatura és eminentment pràctic, de forma que l’aprenentatge es fa a partir de la resolució d’exercicis, on s’introdueixen les tècniques i fonaments teòrics.
Com a conseqüència de l'extinció del pla d'estudis que estàs cursant, en aquesta assignatura es realitza a través de tutoria (excepte en els estudis de l'ETSE). Per a més informació cal consultar l'horari d'atenció personalitzada del professor.

Continguts
Tema Subtema
1. Introducció. Software de disseny molecular. Definicions. Evolució històrica. Aplicacions. Sistemes de coordenades. Superfícies d’energia potencial. Teoria de l’estat de transició. Propietats moleculars. Unitats de distància i energia.
Exercici pràctic: Construcció i disseny de diverses estructures moleculars bioquímiques, orgàniques, i inorgàniques. Recursos web.
2. Mètodes Clàssics. Aplicació a sistemes bioquímics. L’energia de la mecànica molecular. Simulacions de dinàmica molecular. Simulacions Monte Carlo. Mètodes QSAR. Anàlisi conformacional.
Exercici pràctic: Simulació dinàmica d’una proteïna.
3. Mètodes Híbrids de Mecànica Quàntica / Mecànica Molecular (QM/MM). Conceptes de Mecànica Quàntica. Mètodes de Mecànica Quàntica i Semiempírics. Classificació. Tractament de les connexions.
4. Mètodes QSAR (Quantitative Structure Selectivity Relationship). Definicions. Descriptors. QSAR tridimensional. CoMFA (Comparative Field Analysis). Programari.

Atenció personalitzada
Descripció
Es realitzaran seminaris en horari acordat amb el professor

Avaluació
 
Altres comentaris i segona convocatòria

Examen final.


Fonts d'informació
Bàsica J. C. Cramer, Essentials of Computational Chemistry. Theories and Models, 2004,
F. Jensen, Introduction to Computational Chemistry, 1999,
A. R. Leach, Molecular Modelling: Principles and Applications, 2001,

Complementària

(*)La Guia docent és el document on es visualitza la proposta acadèmica de la URV. Aquest document és públic i no es pot modificar, llevat de casos excepcionals revisats per l'òrgan competent/ o degudament revisats d'acord amb la normativa vigent