|
Tipus A
|
Codi |
Competències Específiques | | | A7 |
Saber buscar, obtenir, analitzar i interpretar la informació de les principals bases de dades biològiques: genòmiques, transcriptòmiques, proteòmiques, metabolòmiques, taxonòmiques i altres, així com de dades bibliogràfiques, i usar les eines bioinformàtiques bàsiques |
|
Tipus B
|
Codi |
Competències Transversals | | | B2 |
Resoldre problemes complexos de forma efectiva en el camp biotecnològic. |
|
Tipus C
|
Codi |
Competències Nuclears | | | C2 |
Utilitzar de manera avançada les tecnologies de la informació i la comunicació. |
| | C3 |
Gestionar la informació i el coneixement. |
|
Tipus A
|
Codi |
Resultats d'aprenentatge |
| | A7 |
Utilitzar les eines bioinformàtiques per a: a) analitzar estructures i seqüències de proteïnes i àcids nucleics, i b) cercar informació en les principals bases de dades biològiques i bibliogràfiques
|
|
Tipus B
|
Codi |
Resultats d'aprenentatge |
| | B2 |
Recull la informació significativa que necessita per resoldre els problemes en base a dades i no només opinions subjectives i segueix un mètode lògic d’ anàlisis de la informació
|
|
Tipus C
|
Codi |
Resultats d'aprenentatge |
| | C2 |
Coneix el maquinari bàsic dels ordinadors
Coneix el sistema operatiu com a gestor del maquinari i el programari com eina de treball
| | | C3 |
Localitza i accedeix a la informació de manera eficaç i eficient
Avalua críticament la informació i les seves fonts i la incorpora a la pròpia base de coneixements i al seu sistema de valors
|
| Tema |
Subtema |
| 1) Introducció |
Definició i àmbit d’estudi
Portals de bioinformàtica (EBI-EMBL, NCBI, Expasy) |
| 2) Introducció al sistema operatiu LINUX |
Introducció als sistemes operatius. Comunicació per terminal. |
| 3) Bases de dades bioinformàtiques |
Bases de dades bibliogràfiques (PubMed, ISI Web of Knowledge), bases de dades de seqüències (Swiss-Prot, GenBank). Altres bases de dades. Introducció al SRS (Sequence Retrieval System). |
| 4) Cerca i anàlisi de seqüències |
Concepte d’homologia. Alineaments de parells de seqüències (Needelman-Wunsch, Smith-Waterman, Dot-matrix). Matrius de substitució (PAM, Blosum). Cerca de seqüències semblants (BLAST). |
| 5) Alineaments múltiples i construcció d’arbres filogenètics |
Programes d’alineament múltiple de seqüències (Clustal, T-Coffee). Bases de dades derivades de multialineaments (PROSITE, PFAM). Mètodes de reconstrucció filogenètica. Robustesa d’un arbre filogenètic (bootstrap). Visualització d’arbres filogenètics. |
| Metodologies :: Proves |
| |
Competències |
(*) Hores a classe
|
Hores fora de classe
|
(**) Hores totals |
| Activitats Introductòries |
|
2 |
2 |
4 |
| Sessió Magistral |
|
28 |
28 |
56 |
| Pràctiques a través de TIC |
|
30 |
30 |
60 |
| Resolució de problemes, exercicis |
|
2 |
15 |
17 |
| Atenció personalitzada |
|
4 |
0 |
4 |
| |
| Proves mixtes |
|
3 |
0 |
3 |
| Proves pràctiques |
|
6 |
0 |
6 |
| |
(*) En el cas de docència no presencial, són les hores de treball amb suport vitual del professor.
(**) Les dades que apareixen a la taula de planificació són de caràcter orientatiu, considerant l’heterogeneïtat de l’alumnat |
Metodologies
| |
Descripció |
| Activitats Introductòries |
S'introduirà l'assignatura i s'explicitaran els objectius. |
| Sessió Magistral |
Classe magistral. S'estimularà la participació dels alumnes, fent preguntes durant la classe relacionades amb el que s'està explicant i que els obligui a pensar i a reflexionar. |
| Pràctiques a través de TIC |
Pràctiques en l'aula d'informàtica. També es realitzaran exercicis emprant bases de dades i servidors d'internet. |
| Resolució de problemes, exercicis |
Resolució de qüestionaris i exercicis per a cada tema. |
| Atenció personalitzada |
Resolució de dubtes de forma presencial o no presencial. |
|
Descripció |
|
Mitjançant el fòrum de l'assignatura a través del Moodle, o de forma presencial amb el professor. |
|
Metodologies |
Competències
|
Descripció |
Pes |
|
|
|
|
| Pràctiques a través de TIC |
|
Resolució de forma individual d'un qüestionari per cada tema. |
10% |
| Resolució de problemes, exercicis |
|
Cerca bibliogràfica d'un tema (per grups) |
20% |
| Proves mixtes |
|
Examen teòric-pràctic dels temes 3-5 |
45% |
| Proves pràctiques |
|
Examen pràctic del Tema 2 (linux) |
25% |
| Altres |
|
|
|
| |
|
Altres comentaris i segona convocatòria |
|
L'avaluació de la segona convocatòria consistirà en un examen i l'avaluació dels qüestionaris, exercici (cerca bibliogràfica) i prova pràctica (linux) amb els mateixos pesos que en la 1a convocatòria. És requisit imprescindible treure (tant en primera com en segona convocatòria) com a mínim un 3.0 de l'examen dels temes 1, 3, 4 i 5 i presentar el treball i fer l'examen de linux per aprovar l'assignatura. Es prohibeix l'ús o tinença de dispositius de comunicació i transmissió de dades (mòbils, ....) durant la realització de les proves a excepció del consentiment exprés del professor. |
| Bàsica |
Lesk, Arthur M., Introduction to bioinformatics, Oxford: Oxford University Press, 2005
Attwood, Teresa K.; Parry-Smith, David J., Introducción a la bioinformática, Madrid: Prentice Hall, DL, 2002
Claverie, Jean-Michel; Notredame, Cedric, Bioinformatics for dummies, New York: Wiley Pub., cop., 2003
Gibas, Cynthia; Jambeck, Per, Developing bioinformatics computer skills, Beijing: O'Reilly, 2001
|
|
| Complementària |
|
|
| Assignatures que es recomana haver cursat prèviament |
| ESTRUCTURA I FUNCIÓ DE BIOMOLÈCULES/19204107 |
|
(*)La Guia docent és el document on es visualitza la proposta acadèmica de la URV. Aquest document és públic i no es pot modificar, llevat de casos excepcionals revisats per l'òrgan competent/ o degudament revisats d'acord amb la normativa vigent |
|