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Tipo A
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Código |
Competencias Específicas | | | A7 |
Saber buscar, obtener, analizar e interpretar la información de las principales bases de datos biológicos: genómicos, transcriptómicos, proteómicos, metabolómicos, taxonómicos y otros, así como de datos bibliográficos, y usar las herramientas bioinformáticas básicas |
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Tipo B
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Código |
Competencias Transversales | | | CT1 |
Utilizar información en lengua extranjera de una manera eficaz. |
| | CT2 |
Gestionar la información y el conocimiento mediante el uso eficiente de las TIC. |
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Tipo C
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Código |
Competencias Nucleares |
| Resultados de aprendizaje |
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Tipo A
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Código |
Resultados de aprendizaje |
| | A7 |
Utilizar las herramientas bioinformáticas para: a) analizar estructuras y secuencias de proteínas y ácidos nucleicos, y b) buscar información en las principales bases de datos biológicos y bibliográficos.
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Tipo B
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Código |
Resultados de aprendizaje |
| | CT1 |
Utilizar información en lengua extranjera de una manera eficaz.
| | | CT2 |
Dominar las herramientas destinadas a la gestión de la propia identidad y a las actividades en un entorno digital (ser digital).
Buscar y obtener información de manera autónoma de acuerdo con criterios de fiabilidad y pertinencia (buscar).
Organizar la información con herramientas adecuadas, ya sea en línea o presenciales, que permitan el desarrollo de sus actividades académicas (organizar).
Elaborar información con las herramientas y formatos adecuados a la situación comunicativa y hacerlo de manera honesta (crear).
Utilizar las TIC para compartir e intercambiar información (compartir
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Tipo C
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Código |
Resultados de aprendizaje |
| tema |
Subtema |
| 1) Introducción |
Definición y ámbito de estudio
Portales de bioinformática más importantes (EBI-EMBL, NCBI, Expasy) |
| 2) Introducción al sistema operativo LINUX |
Introducción a los sistemas operativos. Instalación de paquetes. Tareas sencillas utilizando el terminal. |
| 3) Bases de datos bioinformáticas |
Bases de datos bibliográficas (PubMed, ISI Web of Knowledge), bases de datos de secuencias (UniProt, GenBank). Otras bases de datos. |
| 4) Búsqueda y análisis de secuencias |
Concepto de homología. Alineamientos de pares de secuencias (algoritmos de Needelman-Wunsch y Smith-Waterman). Dotplots. Matrices de substitución (PAM, Blosum). Búsqueda de secuencias parecidas (BLAST). |
| 5) Alineamientos múltiples y construcción de árboles filogenéticos |
Programas de alineamiento múltiple de secuencias (Clustal). Bases de datos derivadas de multialineamientos (PROSITE). Métodos de reconstrucción filogenética. Visualización de árboles filogenéticos. |
| Metodologías :: Pruebas |
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Competencias |
(*) Horas en clase
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Horas fuera de clase
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(**) Horas totales |
| Actividades introductorias |
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2 |
2 |
4 |
| Sesión magistral |
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28 |
28 |
56 |
| Prácticas a través de TIC |
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30 |
30 |
60 |
| Trabajos |
|
2 |
15 |
17 |
| Atención personalizada |
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4 |
0 |
4 |
| |
| Pruebas mixtas |
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3 |
0 |
3 |
| Pruebas prácticas |
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6 |
0 |
6 |
| |
(*) En el caso de docencia no presencial, serán las horas de trabajo con soporte virtual del profesor.
(**) Los datos que aparecen en la tabla de planificación son de carácter orientativo, considerando la heterogeneidad de los alumnos |
Metodologías
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descripción |
| Actividades introductorias |
Se introducirá la asignatura y se explicitaran los objetivos. |
| Sesión magistral |
Clase magistral. Se estimulará la participación de los estudiantes. |
| Prácticas a través de TIC |
Prácticas en el aula de informática. También se realizarán ejercicios utilizando bases de datos y servidores de internet. |
| Trabajos |
Treball: Cerca bibliogràfica d'un tema triat per l'estudiant |
| Atención personalizada |
Resolución de dudas de forma presencial o no presencial. |
|
descripción |
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A través del fórum de la asignatura a través del ''Moodle'', o de forma presencial con el profesor. |
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Metodologías |
Competencias
|
descripción |
Peso |
|
|
|
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| Prácticas a través de TIC |
|
Resolución de forma individual de un cuestionario para cada tema. |
10% |
| Trabajos |
|
Cerca bibliogràfica d'un tema triat per l'estudiant |
20% |
| Pruebas mixtas |
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Examen teórico-práctico de los temas 1,3-5 |
45% |
| Pruebas prácticas |
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Examen práctico del Tema 2 (linux) |
25% |
| Otros |
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Otros comentarios y segunda convocatoria |
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La evaluación de la segunda convocatoria consistirá en un examen y las notas de los cuestionarios, ejercicio (búsqueda bibliográfica) y del examen linux, con los mismos pesos que en la 1a convocatoria. Es requisito imprescindible presentar el trabajo de búsqueda bibliográfica y hacer el examen de linux para aprobar la asignatura. Será necesario una nota mínima de 4.0 en el examen de los temas 1, 3, 4 y 5 (en primera y en segunda convocatoria) pera que la nota de la evaluación de los cuestionarios se tenga en cuenta. No se guarda ninguna nota de cursos anteriores. Se prohíbe el uso de dispositivos de comunicación y transmisión de datos (como los teléfonos móviles, ....) durante la realización de les pruebas evaluativas. |
| Básica |
Lesk, Arthur M., Introduction to bioinformatics, Oxford: Oxford University Press, 2008
Attwood, Teresa K.; Parry-Smith, David J., Introducción a la bioinformática, Madrid: Prentice Hall, DL, 2002
Claverie, Jean-Michel; Notredame, Cedric, Bioinformatics for dummies, New York: Wiley Pub., cop., 2007
Gibas, Cynthia; Jambeck, Per, Developing bioinformatics computer skills, Beijing: O'Reilly, 2001
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| Complementaria |
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Garcia-Vallve S & Puigbo P. Ciento cincuenta años tras el árbol de la vida. Nuevos retos sobre el origen de las especies. Revista de la SEBBM. Junio 2009. Num. 160:18-21 |
| Asignaturas que se recomienda haber cursado previamente |
| ESTRUCTURA Y FUNCIÓN DE BIOMOLÉCULAS/19204107 |
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(*)La Guía docente es el documento donde se visualiza la propuesta académica de la URV. Este documento es público y no es modificable, excepto en casos excepcionales revisados por el órgano competente o debidamente revisado de acuerdo la normativa vigente. |
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