|
Tipus A
|
Codi |
Competències Específiques | | | A7 |
Saber buscar, obtenir, analitzar i interpretar la informació de les principals bases de dades biològiques: genòmiques, transcriptòmiques, proteòmiques, metabolòmiques, taxonòmiques i altres, així com de dades bibliogràfiques, i usar les eines bioinformàtiques bàsiques |
|
Tipus B
|
Codi |
Competències Transversals | | | CT1 |
Utilitzar informació en llengua estrangera d’una manera eficaç. |
| | CT2 |
Gestionar la informació i el coneixement mitjançant l’ús eficient de les TIC |
|
Tipus C
|
Codi |
Competències Nuclears |
|
Tipus A
|
Codi |
Resultats d'aprenentatge |
| | A7 |
Utilitzar les eines bioinformàtiques per a: a) analitzar estructures i seqüències de proteïnes i àcids nucleics, i b) cercar informació en les principals bases de dades biològiques i bibliogràfiques
|
|
Tipus B
|
Codi |
Resultats d'aprenentatge |
| | CT1 |
Utilitzar informació en llengua estrangera d’una manera eficaç.
| | | CT2 |
Dominar les eines per gestionar la pròpia identitat i les activitats en un entorn digital. (Ser digital)
Cercar i obtenir informació de manera autònoma amb criteris de fiabilitat i pertinença. (Cercar)
Organitzar la informació amb les eines adients (en línia i presencials) que li permetin desenvolupar les seves activitats acadèmiques. (Organitzar)
Elaborar informació amb les eines i formats adients a la situació comunicativa, i fer-ho de manera honesta. (Crear)
Utilitzar les TIC per compartir i intercanviar informació. (Compartir)
|
|
Tipus C
|
Codi |
Resultats d'aprenentatge |
| Tema |
Subtema |
| Introducció |
Definició i àmbit d’estudi
Portals de bioinformàtica (EBI-EMBL, NCBI, Expasy) |
| 1) Bases de dades bioinformàtiques |
Bases de dades bibliogràfiques (PubMed, ISI Web of Knowledge), bases de dades de seqüències (UniProt, GenBank). Altres bases de dades. |
| 2) Introducció al sistema operatiu LINUX i al llenguatge de programació Python |
Introducció al sistema operatiu LINUX. Introducció al llenguatge de programació Python. |
| 3) Cerca i anàlisi de seqüències |
Concepte d’homologia. Alineaments de parells de seqüències (algoritmes de Needelman-Wunsch i Smith-Waterman). Dotplots. Matrius de substitució (PAM, Blosum). Cerca de seqüències semblants (BLAST). |
| 4) Alineaments múltiples i construcció d’arbres filogenètics |
Programes d’alineament múltiple de seqüències (Clustal). Bases de dades derivades de multialineaments (PROSITE). Mètodes de reconstrucció filogenètica. Visualització d’arbres filogenètics. |
| Metodologies :: Proves |
| |
Competències |
(*) Hores a classe
|
Hores fora de classe
|
(**) Hores totals |
| Activitats Introductòries |
|
2 |
1 |
3 |
| Sessió Magistral |
|
33 |
23 |
56 |
| Pràctiques a través de TIC |
|
30 |
35 |
65 |
| Atenció personalitzada |
|
4 |
0 |
4 |
| |
| Proves pràctiques |
|
1 |
10 |
11 |
| Proves de desenvolupament |
|
1 |
10 |
11 |
| |
(*) En el cas de docència no presencial, són les hores de treball amb suport vitual del professor.
(**) Les dades que apareixen a la taula de planificació són de caràcter orientatiu, considerant l’heterogeneïtat de l’alumnat |
Metodologies
| |
Descripció |
| Activitats Introductòries |
S'introduirà l'assignatura i s'explicitaran els objectius. |
| Sessió Magistral |
Classe magistral. S'estimularà la participació dels alumnes, fent preguntes durant la classe relacionades amb el que s'està explicant i que els obligui a pensar i a reflexionar. |
| Pràctiques a través de TIC |
Pràctiques en l'aula d'informàtica. Es realitzaran exercicis emprant bases de dades i servidors d'internet. |
| Atenció personalitzada |
Resolució de dubtes de forma presencial o no presencial. |
|
Descripció |
|
Temps que cada professor té reservat per atendre i resoldre dubtes als alumnes. Podeu contactar amb els professors presencialment a l'hora de classe o per correu electrònic. |
|
Metodologies |
Competències
|
Descripció |
Pes |
|
|
|
|
| Pràctiques a través de TIC |
|
Resolució de forma individual d'un qüestionari per cada tema (inclou els exercicis de Rosalind de Python). |
20% |
| Proves pràctiques |
|
Examen pràctic davant de l'ordinador |
40% |
| Proves de desenvolupament |
|
Examen teòric |
40% |
| Altres |
|
|
|
| |
|
Altres comentaris i segona convocatòria |
|
És requisit imprescindible fer els exercicis de Python per aprovar l'assignatura. Caldrà treure un mínim de 4.0 sobre 10 en la mitjana dels dos exàmens perquè compti la nota de l'avaluació dels qüestionaris. La 2a convocatòria consistirà en un examen teòric i un examen pràctic. Es mantindrà la nota dels qüestionaris i cerca bibliogràfica, amb els mateixos pesos que en la 1a convocatòria. Caldrà treure un mínim de 4.0 sobre 10 en la mitjana de l'examen de la 2a convocatòria perquè compti la nota de l'avaluació dels qüestionaris. No es guarden notes de les activitats/exàmens de cursos anteriors. |
| Bàsica |
KA Tanemura, D Sierra-Costa & KM Merz Jr, Python for Chemists, American Chemical Society, 2022 doi:10.1021/acsinfocus.7e5030
Mukhopadhyay CS et al., Basic applied bioinformatics., Wiley, 2018
Claverie, Jean-Michel; Notredame, Cedric, Bioinformatics for dummies, New York: Wiley Pub., cop., 2007
Sebastian Bassi, Python for bioinformatics, CRC Press, 2018
Solé-Llussà A; Casanoves M; Salvadó Z; Garcia-Vallve S; Valls C; Novo M, Annapurna expedition game: applying molecular biology tools to learn genetics., , J Bio Educ. 2019 53(5):516-523. doi:10.1080/002192
|
|
| Complementària |
|
Garcia-Vallve S & Puigbo P. Ciento cincuenta años tras el árbol de la vida. Nuevos retos sobre el origen de las especies. Revista de la SEBBM. Junio 2009. Num. 160:18-21 |
(*)La Guia docent és el document on es visualitza la proposta acadèmica de la URV. Aquest document és públic i no es pot modificar, llevat de casos excepcionals revisats per l'òrgan competent/ o degudament revisats d'acord amb la normativa vigent |
|