Tipus A
|
Codi |
Competències Específiques |
|
Recerca |
|
AR7 |
Saber interpretar processos químics i biològics que funcionin en base a interaccions intermoleculars. |
Tipus B
|
Codi |
Competències Transversals |
|
Recerca |
|
BR6 |
Comprometre’s amb l’ètica i la responsabilitat social com a ciutadà i com a profesional. |
Tipus C
|
Codi |
Competències Nuclears |
|
Comú |
|
CC6 |
Tenir adquirides les competències bàsiques en TIC. |
Objectius |
Competències |
Conèixer les principals tècniques bioinformàtiques i saber-les emprar per resoldre problemes biològics. |
AR7
|
BR6
|
CC6
|
Tema |
Subtema |
1. Introducció. |
Què és la bioinformàtica?
Fonaments d'estructura d'àcids nucleics i de proteïnes.
Genomes i proteomes.
L'evolució a nivell molecular.
Matrius de distància.
Principals bases de dades d'àcids nucleics i proteïnes.
Mineria de dades en bases de dades de biologia molecular: l'SRS. |
2. Comparació de seqüències. |
Mesures de la semblança entre dues seqüències.
Alineament de dues seqüències.
Multialineament.
Arbres filogenètics.
Aplicació de la comparació de seqüències a la mineria de dades. |
3. Anàlisi comparativa de genomes. |
Anàlisi i anotacio de genomes.
Aplicació de la genòmica comparativa en la reconstrucció de vies metabòliques. |
4. Relació estructura/funció en proteïnes. |
Fonaments de la determinació experimental de l'estructura proteica.
La base de dades del PDB: mineria de dades en ella i anàlisi de la informació continguda en ella.
Anàlisi de l'estructura proteica mitjançant software de visualització molecular.
Relació estructura/evolució i correlació amb estructura/funció.
Predicció de la funció.
Docking. |
5. Obtenció d'informació estructural en proteïnes d'estructura desconeguda. |
Predicció de l'estructura secundària.
Predicció del plegament.
Modelat per homologia. |
6. Enginyeria de proteïnes. |
Propietats de les proteïnes susceptibles de ser millorades.
Selecció de mutacions d'acord amb la propietat a millorar.
Mutagènesi "in silico". |
7. Introducció a la programació en lleguatge PERL. |
Conceptes bàsics del PERL.
Disseny d'algoritmes bioinformàtics. |
Metodologies :: Proves |
|
Competències |
(*) Hores a classe |
Hores fora de classe |
(**) Hores totals |
Activitats Introductòries |
|
1 |
0 |
1 |
|
Resolució de problemes, exercicis a l'aula ordinària |
|
15 |
30 |
45 |
|
Atenció personalitzada |
|
8 |
8 |
16 |
|
|
(*) En el cas de docència no presencial, són les hores de treball amb suport vitual del professor. (**) Les dades que apareixen a la taula de planificació són de caràcter orientatiu, considerant l’heterogeneïtat de l’alumnat |
Metodologies
|
Descripció |
Activitats Introductòries |
Presentació dels professors. Presentació de l'assignatura: els seus objectius, continguts, bibliografia, forma d'avaluació, etc. |
Resolució de problemes, exercicis a l'aula ordinària |
Formulació, anàlisi, resolució i debat de problemes o exercicis. L'alumne els ha treballat prèviament i la discussió és a través de les TIC. |
Atenció personalitzada |
|
|
Descripció |
Reunions amb els alumnes bé individualment o en petits grups per tal de resoldre dubtes, indicar punts de millora i orientar en el desenvolupament general de l'assignatura |
|
|
Descripció |
Pes |
Resolució de problemes, exercicis a l'aula ordinària |
S'avaluaran els exercicis que ha d'enviar l'alumne al professor per correu electrònic al finalitzar cada tema. |
100 |
|
Altres comentaris i segona convocatòria |
|
Bàsica |
Adams M.D., Fields C., Venter J.C. (Eds.), Automated DNA sequencing and analysis., Academic Press, last edition
Baxevanis A., Ouellette F.B.F. (Eds.), Bioinformatics: a practical guide to the analysis of genes and proteins., John Wiley and Sons,, last edition
Bishop M.J., Rawlings C.J. (Eds.), DNA and protein sequence analysis. A Practical approach., IRL Press, last edition
Bishop M.J. (Ed.), Guide to human genome computing. Second edition., Academic Press, last edition
|
- Adams M.D., Fields C., Venter J.C. (Eds.)
Automated DNA sequencing and
analysis. Academic Press, London (1994).
- Baxevanis A., Ouellette F.B.F. (Eds.)
Bioinformatics: a practical guide
to the analysis of genes and proteins. John Wiley and Sons, New York
(1998).
- Bishop M.J., Rawlings C.J. (Eds.)
DNA and protein sequence analysis. A
Practical approach. IRL Press, Oxford (1997).
- Bishop M.J. (Ed.)
Guide to human genome computing. Second
edition. Academic Press, London (1998).
|
Complementària |
|
|
|
Altres comentaris |
No hi ha cap requeriment especial per a cursar l'assignatura. És imprescindible però disposar d'un ordinador amb connexió a Internet |
(*)La Guia docent és el document on es visualitza la proposta acadèmica de la URV. Aquest document és públic i no es pot modificar, llevat de casos excepcionals revisats per l'òrgan competent/ o degudament revisats d'acord amb la normativa vigent |
|