DADES IDENTIFICATIVES									2008_09
Assignatura	BIOINFORMÀTICA							Codi	205151214
Ensenyament	Nanociència i Nanotecnologia (2006)							Cicle	2on
Descriptors	Crèd.		Tipus	Curs	Període
	2.5		Optativa		Únic anual
Llengua d'impartició	Anglès Català
Departament	Bioquímica i Biotecnologia
Coordinador/a	PUJADAS ANGUIANO, GERARD				Adreça electrònica	gerard.pujadas@urv.cat
Professors/es	PUJADAS ANGUIANO, GERARD
Web	http://moodle.urv.cat
Descripció general i informació rellevant	The main objective of the course is to know the main bioinformatic's tools and to understand how to use them to solve biological problems.

Competències Tipus A Codi Competències Específiques   Recerca   AR7 Saber interpretar processos químics i biològics que funcionin en base a interaccions intermoleculars. Tipus B Codi Competències Transversals   Recerca   BR6 Comprometre’s amb l’ètica i la responsabilitat social com a ciutadà i com a profesional. Tipus C Codi Competències Nuclears   Recerca   CR4 Tenir adquirides les competències bàsiques en TIC. Objectius d'aprenentatge Objectius Competències Conèixer les principals tècniques bioinformàtiques i saber-les emprar per resoldre problemes biològics. AR7 BR6 CR4 Continguts Tema Subtema 1. Introducció. Què és la bioinformàtica? Fonaments d'estructura d'àcids nucleics i de proteïnes. Genomes i proteomes. L'evolució a nivell molecular. Matrius de distància. Principals bases de dades d'àcids nucleics i proteïnes. Mineria de dades en bases de dades de biologia molecular: l'SRS. 2. Comparació de seqüències. Mesures de la semblança entre dues seqüències. Alineament de dues seqüències. Multialineament. Arbres filogenètics. Aplicació de la comparació de seqüències a la mineria de dades. 3. Anàlisi comparativa de genomes. Anàlisi i anotacio de genomes. Aplicació de la genòmica comparativa en la reconstrucció de vies metabòliques. 4. Relació estructura/funció en proteïnes. Fonaments de la determinació experimental de l'estructura proteica. La base de dades del PDB: mineria de dades en ella i anàlisi de la informació continguda en ella. Anàlisi de l'estructura proteica mitjançant software de visualització molecular. Relació estructura/evolució i correlació amb estructura/funció. Predicció de la funció. Docking. 5. Obtenció d'informació estructural en proteïnes d'estructura desconeguda. Predicció de l'estructura secundària. Predicció del plegament. Modelat per homologia. 6. Enginyeria de proteïnes. Propietats de les proteïnes susceptibles de ser millorades. Selecció de mutacions d'acord amb la propietat a millorar. Mutagènesi "in silico". 7. Introducció a la programació en lleguatge PERL. Conceptes bàsics del PERL. Disseny d'algoritmes bioinformàtics. Planificació Metodologies  ::  Proves   Competències (*) Hores a classe Hores fora de classe (**) Hores totals Activitats Introductòries 1 0 1   Resolució de problemes, exercicis a l'aula ordinària 15 30 45   Atenció personalitzada 8 8 16     (*) En el cas de docència no presencial, són les hores de treball amb suport vitual del professor. (**) Les dades que apareixen a la taula de planificació són de caràcter orientatiu, considerant l’heterogeneïtat de l’alumnat Metodologies Metodologies   Descripció Activitats Introductòries Presentació dels professors. Presentació de l'assignatura: els seus objectius, continguts, bibliografia, forma d'avaluació, etc. Resolució de problemes, exercicis a l'aula ordinària Formulació, anàlisi, resolució i debat de problemes o exercicis. L'alumne els ha treballat prèviament i la discussió és a través de les TIC. Atenció personalitzada   Atenció personalitzada Descripció Reunions amb els alumnes bé individualment o en petits grups per tal de resoldre dubtes, indicar punts de millora i orientar en el desenvolupament general de l'assignatura Avaluació   Descripció Pes Resolució de problemes, exercicis a l'aula ordinària S'avaluaran els exercicis que ha d'enviar l'alumne al professor per correu electrònic al finalitzar cada tema. 100   Altres comentaris i segona convocatòria Fonts d'informació Bàsica Adams M.D., Fields C., Venter J.C. (Eds.) Automated DNA sequencing and analysis. Academic Press, London (1994). Baxevanis A., Ouellette F.B.F. (Eds.) Bioinformatics: a practical guide to the analysis of genes and proteins. John Wiley and Sons, New York (1998). Bishop M.J., Rawlings C.J. (Eds.) DNA and protein sequence analysis. A Practical approach. IRL Press, Oxford (1997). Bishop M.J. (Ed.) Guide to human genome computing. Second edition. Academic Press, London (1998). Complementària Recomanacions   Altres comentaris No hi ha cap requeriment especial per a cursar l'assignatura. És imprescindible però disposar d'un ordinador amb connexió a Internet